Ciencia computacional

Mi experiencia es en genómica, pero recientemente he estado trabajando con problemas relacionados con la estructura de la proteína. Escribí algunos programas relevantes en C, construyendo mi propio analizador de archivos PDB desde cero en el proceso. No me preocupé por hacer un analizador realmente robusto, solo sabía que construir …

17 computational-biology  pdb  c 

Sé que el método de Nitsche es un método muy atractivo, ya que permite tener en cuenta las condiciones de contorno de tipo Dirichlet o el contacto con las condiciones de límite de fricción de manera débil sin el uso de multiplicadores de Lagrange. Y su ventaja, que es transformar …

17 finite-element  boundary-conditions  elliptic-pde  nitsche-method 

Para fines de enseñanza, necesitaría una función continua de una sola variable que sea "difícil" de aproximar con polinomios, es decir, uno necesitaría potencias muy altas en una serie de potencias para "ajustar" bien esta función. Tengo la intención de mostrarles a mis alumnos los "límites" de lo que se …

16 interpolation 

He aprendido sobre el método de elementos finitos (también un poco sobre otros métodos numéricos) pero no sé cuáles son exactamente la definición de estos dos errores y las diferencias entre ellos.

16 finite-element  numerical-analysis  error-estimation 

Soy consciente de que invertir una matriz para resolver un sistema lineal no es una buena idea, ya que no es tan preciso y eficiente como resolver directamente el sistema o usar la descomposición LU, Cholesky o QR. Sin embargo, no he podido comprobar esto con un ejemplo práctico. He …

16 matrix  accuracy  inverse 

Como esta pregunta está relacionada con el cálculo, decidí publicar aquí. Esperemos que se vea como apropiado. Acabo de comenzar a ejecutar modelos atmosféricos y oceánicos, y me doy cuenta de que necesito más núcleos, memoria y espacio en disco que mi escritorio actual. Mi institución tiene un servicio informático …

16 hpc 

Recientemente he estado comparando diferentes solucionadores no lineales de scipy y quedé particularmente impresionado con el ejemplo de Newton-Krylov en el Scipy Cookbook en el que resuelven una ecuación de ecuación diferencial de segundo orden con un término de reacción no lineal en aproximadamente 20 líneas de código. Modifiqué el …

16 python  nonlinear-equations  poisson  scipy 

Soy un gran defensor del desarrollo basado en pruebas en informática científica. Su utilidad en la práctica es asombrosa, y realmente alivia los problemas clásicos que los desarrolladores de códigos conocen. Sin embargo, existen dificultades inherentes al probar códigos científicos que no se encuentran en la programación general, por lo …

16 testing 

Me gustaría saber si hay una manera rápida de calcular la distancia euclidiana de dos vectores en Octave. Parece que no hay una función especial para eso, así que ¿debería usar la fórmula con sqrt?

16 octave  discretization  nonlinear-equations  newton-method  visualization  fluid-dynamics  mesh-generation  finite-element  finite-volume  optimization  algorithms  approximation  fluid-dynamics  navier-stokes  comsol  modeling  optimization  sparse-matrix  matrix  condition-number  visualization  matlab  quadrature  blas  intel-mkl  finite-element  gpu  discontinuous-galerkin  mathematica  optimization  convex-optimization  algorithms  reference-request  matlab  statistics  finite-element  numerical-analysis  petsc  molecular-dynamics  machine-learning  statistics  visualization  open-source  statistics  image-processing  visualization  python  petsc  finite-element  fluid-dynamics  stability  navier-stokes  incompressible 

En silencio se puede obtener mucha información de la experiencia, me preguntaba si alguien ha visto algo similar a esto antes. El gráfico muestra la condición inicial (verde) para la ecuación de advección-difusión, luego la solución en la iteración 200 (azul) y luego nuevamente en la iteración 400 (rojo). La …

16 numerical-analysis  advection-diffusion 

Me gustaría ser independiente del software comercial para mi trabajo científico. Encuentro insatisfactorio una dependencia de paquetes comerciales como Matlab y sus cajas de herramientas, porque no sé si tendré acceso a Matlab en el futuro y porque no me gusta el idioma. Por lo tanto, estoy buscando alternativas. Afortunadamente, …

16 python  machine-learning 

En la programación de cálculos de matriz densa, ¿hay alguna razón para elegir un diseño de fila mayor del diseño de columna mayor? Sé que dependiendo del diseño de la matriz elegida, necesitamos escribir el código apropiado para usar las memorias caché de manera efectiva para fines de velocidad. El …

16 matrix  fortran 

Probablemente sea una pregunta a nivel de estudiante, pero no puedo dejarla clara para mí. ¿Por qué es más preciso usar cuadrículas no uniformes en los métodos numéricos? Estoy pensando en el contexto de algún método de diferencia finita para el PDE de la forma . Y suponga que estoy …

16 pde  finite-difference 

Lo que más me disgusta de MPI es tratar con tipos de datos (es decir, mapas / máscaras de datos) porque no encajan muy bien con C ++ orientado a objetos. boost::mpisolo es compatible con MPI 1.1, sin embargo, desde su sitio web: boost :: mpi es una interfaz amigable …

16 hpc  c++  mpi 

Leí sobre ciencia computacional en Wikipedia, pero mi comprensión no es muy clara. ¿La ciencia computacional involucra programación? ¿Cuán diferente es la ciencia computacional de la computacional _ ____ , donde el espacio en blanco podría ser cualquier disciplina (ciencia de materiales, ingeniería, química, biología, etc.)? (Haré ciencia computacional de …

16 computational-chemistry  education