Preguntas etiquetadas con computational-biology

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Análisis de datos de estructura de proteínas en C
Mi experiencia es en genómica, pero recientemente he estado trabajando con problemas relacionados con la estructura de la proteína. Escribí algunos programas relevantes en C, construyendo mi propio analizador de archivos PDB desde cero en el proceso. No me preocupé por hacer un analizador realmente robusto, solo sabía que construir …


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Cómo hacer una buena malla en un modelo biológicamente preciso con dominios muy pequeños
He estado tratando de hacer un modelo espacial 2D biológicamente preciso de capas de tejido, donde ocurren diferentes procesos fisiológicos. Esto incluye principalmente reacciones químicas, difusión y flujos sobre los límites. Estoy haciendo este modelo en COMSOL Multiphysics, un paquete de software de elementos finitos que resuelve diferentes físicas como …


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¿Hay códigos de código abierto disponibles para estudiar el plegamiento de proteínas?
Me gustaría probar la influencia de los parámetros de solvatación en los modelos de solvatación implícitos y preguntarme qué códigos están disponibles gratuitamente como programas independientes para el plegamiento de proteínas de proteínas pequeñas, y cuáles usan enfoques de minimización de energía en lugar de dinámica, por lo que no …
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