Preguntas etiquetadas con petsc

Tengo que resolver varios problemas desafiantes de optimización global no convexo. Actualmente uso la Caja de herramientas de optimización de MATLAB (específicamente, fmincon()con algoritmo = 'sqp'), que es bastante eficaz . Sin embargo, la mayor parte de mi código está en Python, y me encantaría hacer la optimización también en …

77 python  optimization  nonlinear-programming  linear-algebra  linear-solver  sparse-matrix  ode  automatic-differentiation  efficiency  matrix  symbolic-computation  pde  multiphysics  operator-splitting  fluid-dynamics  pde  multigrid  pde  hyperbolic-pde  quadrature  precision  numerical-analysis  fluid-dynamics  interpolation  c  ode  testing  data-sets  pde  fluid-dynamics  hyperbolic-pde  pde  finite-element  fluid-dynamics  stability  incompressible  pde  hyperbolic-pde  fluid-dynamics  pde  precision  floating-point  convex-optimization  conditioning  pde  hyperbolic-pde  stability  implicit-methods  explicit-methods  fluid-dynamics  accuracy  pde  hyperbolic-pde  petsc  linear-algebra 

¿Qué puede salir mal cuando se utilizan los métodos de Krylov preconditonado de KSP ( paquete de solucionador lineal de PETSc ) para resolver un sistema lineal disperso como los obtenidos al discretizar y linealizar ecuaciones diferenciales parciales? ¿Qué pasos puedo tomar para determinar qué está yendo mal para mi …

26 linear-algebra  petsc  preconditioning  krylov-method  iterative-method 

Por lo que puedo decir, los dos grandes marcos genéricos de software de ciencia computacional del Departamento de Energía de EE . UU . Son PETSc y Trilinos . Parecen similares a primera vista, más allá de las diferencias en el lenguaje (C versus C ++). ¿Cuáles son las principales …

24 petsc  software  trilinos 

Estoy usando el paquete de solución no lineal de PETSc SNES para resolver un sistema de ecuaciones no lineales obtenidas al discretizar una ecuación diferencial parcial. ¿Cómo puedo determinar por qué el solucionador no converge y qué puedo hacer para resolver con éxito mis ecuaciones?

22 petsc  pde  implicit-methods 

Estoy planeando usar multirredes para calcular algunos valores y vectores propios, y noté que PETSc tiene soporte de alto nivel para multirredes. La documentación de PETSc dice que esta parte de PETSc no debe usarse, ya que se reemplazará pronto. ¿Qué otras bibliotecas tienen soporte de alto nivel para multigrid, …

17 petsc  libraries  multigrid 

Me gustaría saber si hay una manera rápida de calcular la distancia euclidiana de dos vectores en Octave. Parece que no hay una función especial para eso, así que ¿debería usar la fórmula con sqrt?

16 octave  discretization  nonlinear-equations  newton-method  visualization  fluid-dynamics  mesh-generation  finite-element  finite-volume  optimization  algorithms  approximation  fluid-dynamics  navier-stokes  comsol  modeling  optimization  sparse-matrix  matrix  condition-number  visualization  matlab  quadrature  blas  intel-mkl  finite-element  gpu  discontinuous-galerkin  mathematica  optimization  convex-optimization  algorithms  reference-request  matlab  statistics  finite-element  numerical-analysis  petsc  molecular-dynamics  machine-learning  statistics  visualization  open-source  statistics  image-processing  visualization  python  petsc  finite-element  fluid-dynamics  stability  navier-stokes  incompressible 

Tengo un PETSc Maty me gustaría estimar su número de condición.

15 petsc  linear-algebra 

Dondequiera que haya visto, el tutorial / documentos de PETSc, etc., dicen que es útil para el álgebra lineal y generalmente especifica que los sistemas dispersos se beneficiarán. ¿Qué pasa con las matrices densas? Me preocupa resolver para A densa .A x = bUNX=siAx=bUNUNA He escrito mi propio código para …

14 linear-algebra  petsc  blas 

Estaba jugando con PETSc y noté que cuando ejecuto mi programa con más de un proceso a través de MPI , ¡parece funcionar aún más lento ! ¿Cómo puedo verificar para ver qué está pasando?

14 linear-algebra  petsc 

Por lo general, escribo código de serie, y cuando lo hago, escribo pruebas unitarias con un marco de prueba de estilo xUnit (MATLAB xUnit, PyUnit / nose o el marco de prueba C ++ de Google). Basado en una búsqueda superficial de Google, no he visto mucho sobre cómo los …

13 parallel-computing  petsc  mpi  testing  reproducibility 

Pregunta: ¿Qué métodos están disponibles para calcular con precisión y eficiencia la estructura de dispersión de una matriz de elementos finitos? Información: estoy trabajando en un solucionador de ecuaciones de presión de Poisson, usando el método de Galerkin con una base cuadrática de Lagrange, escrito en C, y usando PETSc …

13 matrix  finite-element  petsc  performance 

Mi sistema es un problema de FE simétrico con multiplicadores lagrange (por ejemplo, flujo incompresible de Stokes): (ABBTC)(ABTBC)\begin{pmatrix}A & B^T \\ B & C\end{pmatrix} donde es el caso típico (incluso me he asegurado de que las ecuaciones estén numeradas para que los multiplicadores de Lagrange aparezcan en último lugar). El …

12 finite-element  petsc  krylov-method  preconditioning 

Necesito resolver el mismo sistema lineal disperso (300x300 a 1000x1000) con muchos lados derechos (300 a 1000). Además de este primer problema, también me gustaría resolver diferentes sistemas, pero con los mismos elementos distintos de cero (solo valores diferentes), es decir, muchos sistemas dispersos con un patrón de dispersión constante. …

12 linear-algebra  petsc  linear-solver  sparse-matrix 

¿Cuánto más lento es petsc4py vs c / c ++ / fortran? Me doy cuenta de que dependerá significativamente del código que se ejecute, pero ¿qué pasa con algo simple como un producto de matriz de vectores?

11 petsc  python 

Aquí hay un uso típico de los punteros de función en C. Me gustaría hacer algo similar en Fortran. Tengo algunas ideas, pero me gustaría saber si hay alguna forma canónica de hacerlo. Los punteros de función y los contextos pasados ​​por el usuario se almacenan y luego se llaman …

11 petsc  fortran