Preguntas etiquetadas con petsc

Soy nuevo en el paquete PETSc. Tengo un ~ 4000x4000 matriz A en formato de mercado de matriz y quiero obtener PETSc para resolver esto usando múltiples procesadores. Sé cómo resolver el sistema en un único procesador, pero no sé cómo distribuir la matriz y los vectores entre diferentes procesadores. …

10 petsc  matrix 

Soy muy nuevo en la programación GPGPU, así que perdónenme si la pregunta no es particularmente apropiada. Por lo que entiendo, la programación de GPU es un trabajo de ingeniería muy complejo en comparación con la programación habitual de CPU. Hay que tener mucho cuidado con los problemas de divergencia, …

10 parallel-computing  petsc  gpu  cuda 

¿Compilar PETSc con una biblioteca externa BLAS / LAPACK afecta significativamente el rendimiento en matrices dispersas, o solo usa esas bibliotecas para matemáticas de matriz densas?

10 petsc  sparse-matrix  lapack  blas 

Básicamente, FEM parece ser un problema que está prácticamente "resuelto". Existen numerosos marcos potentes, como Trilinos, PETSc, FEniCS, Libmesh o MOOSE. Una cosa que tienen en común: son extremadamente "pesados". Primero, la instalación normalmente es muy dolorosa. En segundo lugar, su interfaz / API es gruesa y pesada: debe traducir …

9 finite-element  python  c++  petsc  fenics 

Necesito resolver Ax = b, pero me doy cuenta de que incluso si es escaso, almacenar los coeficientes matriciales de mi problema requerirá demasiada memoria. Así que ahora estoy considerando usar un método sin matriz, porque los mismos coeficientes aparecen mucho tiempo en la matriz, por lo que podría usar …

9 linear-solver  petsc  sparse-operator 

Me estoy sumergiendo en el fascinante mundo del análisis de elementos finitos y me gustaría resolver un gran problema termomecánico (solo térmico mecánico, sin retroalimentación).→→\rightarrow Para el problema mecánico, ya entendí por la respuesta de Geoff , que necesitaré usar un solucionador iterativo debido al tamaño de mi malla. Además …

9 pde  parallel-computing  petsc  hpc  iterative-method 

Tengo un problema de matriz generalizado: de un método espectral en un problema de análisis de estabilidad lineal. Mi matriz B es diagonal y positiva semi-definida. A es no ermitaño y complejo.A x = λ B xUNAX=λsiXA x = \lambda B x Mi problema es esencialmente que cuando uso el …

8 linear-algebra  parallel-computing  petsc  eigensystem  preconditioning 

Implementé un Navier Stokes basado en la discretización FEM y PETSc para resolver el sistema lineal de ecuaciones. Para crear un procedimiento de solución eficiente, sigo el documento "Precondicionamiento eficiente de las ecuaciones de Navier-Stokes linealizadas para flujo incompresible" (Silvester et al.), Que proponen un enfoque de complemento de Schur. …

8 finite-element  petsc  linear-solver  preconditioning 

¿Cuál es la forma más eficiente de obtener una matriz dispersa compleja de mi código Fortran a PETSc? Entiendo que esto depende del problema, por lo que traté de dar tantos detalles relevantes como sea posible a continuación. He estado jugando con el solucionador de valores propios FEAST [1] para …

8 matrix  petsc  performance  fortran  sparse-matrix 

Más o menos la pregunta. Dada una matriz general dispersa, no simétrica (tanto numérica como estructuralmente), ¿qué importancia tiene el patrón de dispersión (es decir, permutación de fila / columna de matriz / vector) para los solucionadores iterativos? Puedo ver que se vuelve importante para los solucionadores directos (LU) o …

8 linear-algebra  petsc  iterative-method 

Estoy perfilando el rendimiento de los solucionadores lineales de PETSc. Según lo entiendo, speedup=Sequential TimeParallel Time.speedup=Sequential TimeParallel Time.\text{speedup}=\frac{\text{Sequential Time}}{\text{Parallel Time}}. Sé que ejecutar el código paralelo en un procesador se puede usar como proxy para el rendimiento secuencial. Sin embargo, no creo que sea una buena medida de un código …

8 performance  petsc  parallel-computing 

¿Cómo puedo calcular el complemento Schur? S= Kb b- Kb aK- 1a aKa bS=Ksisi-KsiunaKunauna-1Kunasi S = K_{bb} - K_{ba} K_{aa}^{-1} K_{ab} dónde K= ( Ka aKb aKa bKb b)K=(KunaunaKunasiKsiunaKsisi) K=\begin{pmatrix} K_{aa} & K_{ab} \\ K_{ba} & K_{bb} \end{pmatrix} (en algún orden) es una matriz PETSc ( Mat)?

8 pde  linear-algebra  petsc