Preguntas etiquetadas con reproducibility

En uno de mis documentos, enumero algunos resultados numéricos además de algunas cifras. Lo que me gustaría hacer es asegurarme de que los resultados numéricos en mi trabajo siempre estén de acuerdo con el código. En este momento, solo copie directamente los resultados numéricos de mi salida de simulación en …

34 software  documentation  reproducibility 

La reproducibilidad se ha vuelto cada vez más importante en la investigación en ciencias computacionales. (Por ejemplo, vea este artículo de Roger Peng en Science ; también conozco otros artículos y sitios web de este tipo). Sin embargo, no tengo claro cuánta información debo incluir en un artículo de revista …

23 software  publications  documentation  reproducibility 

La investigación reproducible en computación tiene como objetivo hacer que el código necesario para generar los resultados en un documento computacional esté disponible para otros investigadores para que puedan ejecutar este código para reproducir los resultados en ese documento. Me gustaría hacer que toda mi investigación sea reproducible, pero me …

19 software  publications  documentation  reproducibility 

Una reducción en paralelo supone que la operación correspondiente es asociativa. Esta suposición se viola para la adición de números de punto flotante. Puedes preguntar por qué me importa esto. Bueno, hace que los resultados sean menos reproducibles. Y empeora cuando el recocido simulado se usa para optimizar (o ajustar …

17 parallel-computing  reproducibility 

Escribí un programa / biblioteca que usé para obtener resultados en un artículo. (Aquí está , pero mi pregunta es general). Tengo pruebas que ejecuto regularmente ctest(me toma unos minutos ejecutarlas). Para reproducir algunas tablas o figuras en el artículo, tengo que construir un script o un programa de controlador …

15 reproducibility 

Estoy escribiendo un documento reproducible, y el documento tiene resultados computacionales generados por un script de Python (un script MATLAB similar genera resultados casi idénticos). Siento que el papel sería más fácil de entender para los lectores si pudieran hacer coincidir los cálculos en el papel con los cálculos en …

14 python  software  reproducibility 

La física, la biología, la química, etc. tienen diferentes conjuntos de reglas para hacer experimentos: qué eventos se consideran relevantes, cómo evitar la contaminación de las muestras, cómo crear y reparar un proceso de reproducción, etc. ¿Cuáles son los estándares, protocolos y mejores prácticas para garantizar la precisión y la …

13 benchmarking  reproducibility  experiment 

Por lo general, escribo código de serie, y cuando lo hago, escribo pruebas unitarias con un marco de prueba de estilo xUnit (MATLAB xUnit, PyUnit / nose o el marco de prueba C ++ de Google). Basado en una búsqueda superficial de Google, no he visto mucho sobre cómo los …

13 parallel-computing  petsc  mpi  testing  reproducibility 

¿Existe una lista publicada de las mejores prácticas para garantizar la longevidad del código, con miras a resultados científicos reproducibles? (por ejemplo, código abierto, prácticas de documentación, selección de dependencias, selección de un idioma, máquinas virtuales, etc.). Conozca cualquier estudio (o falta de eso, ejemplos / anécdotas) que haya intentado …

11 software  publications  reproducibility