Ciencia computacional

Preguntas y respuestas para científicos que usan computadoras para resolver problemas científicos.

4
¿Hay códigos de código abierto disponibles para estudiar el plegamiento de proteínas?
Me gustaría probar la influencia de los parámetros de solvatación en los modelos de solvatación implícitos y preguntarme qué códigos están disponibles gratuitamente como programas independientes para el plegamiento de proteínas de proteínas pequeñas, y cuáles usan enfoques de minimización de energía en lugar de dinámica, por lo que no …
1
Rojo (-Green) -Refinement vs. Newest-Vertex-Bisection
¿Cuáles son los "pros y contras" de estos dos métodos de refinamiento de malla? Ambos parecen ser los métodos predominantes. Naturalmente, puedo imaginar que el refinamiento rojo global es comparativamente fácil de implementar y atractivo para la investigación en métodos de cuadrículas múltiples, mientras que NVB se usa en la …
2
Mínimos cuadrados no lineales unilaterales con restricciones lineales
Estoy tratando de resolver un problema de mínimos cuadrados no lineales unilateral con restricciones lineales, es decir, el problema: minx∑mi=1ri(x) s.t Ax≤bminx∑i=1mri(x) s.t Ax≤b\min_{\mathbf{x}} \quad \sum^m_{i=1} \mathbf{r}_i(\mathbf{x}) \qquad \text{ s.t } \quad A\mathbf{x} \leq \mathbf{b} dónde ri(x)=fi(x)2ri(x)=fi(x)2r_i(\mathbf{x})=f_i(\mathbf{x})^2 if fi(x)>0fi(x)>0f_i(\mathbf{x})>0 , y ryo( x ) = 0ryo(X)=0 0r_i(\mathbf{x})=0 más. En palabras, …
1
¿Cuál es la forma correcta de comparar vectores en coma flotante?
Sé que debería usar una tolerancia para comparar números de coma flotante. Pero para comparar vectores, puedo pensar en 3 posibles soluciones correspondientes a diferentes métricas de distancia: Compare los componentes de cada vector individualmente: los vectores son iguales si los 3 están dentro de la tolerancia. Esta opción se …
2
¿Cómo calculo la sobrecarga paralela de un código paralelo ejecutado en un único procesador cuando no hay un código secuencial disponible?
Estoy perfilando el rendimiento de los solucionadores lineales de PETSc. Según lo entiendo, speedup=Sequential TimeParallel Time.speedup=Sequential TimeParallel Time.\text{speedup}=\frac{\text{Sequential Time}}{\text{Parallel Time}}. Sé que ejecutar el código paralelo en un procesador se puede usar como proxy para el rendimiento secuencial. Sin embargo, no creo que sea una buena medida de un código …
1
Encontrar el punto fijo de un operador
¿Qué métodos numéricos están disponibles para encontrar el punto fijo de un operador que actúa sobre las funciones ? Estoy buscando la función para la cual .f : [ a , b ] → [ a , b ] f A f = fUNAAAF: [ a , b ] → …
3
Eigenmodes laplacianos en una región semicircular con método de diferencia finita
El cálculo de los modos propios de una membrana semicircular se reduce al siguiente problema de valores propios ∇2u=k2u,∇2u=k2u,\nabla^2u=k^2u\;, donde la región de interés es un semicírculo definido por y φ ∈ [ 0 , π ] .r∈[0,1]r∈[0,1]r\in[0,1]φ∈[0,π]φ∈[0,π]\varphi\in[0,\pi] Es apropiado trabajar en coordenadas cilíndricas, donde el laplaciano se escribe como …
Al usar nuestro sitio, usted reconoce que ha leído y comprende nuestra Política de Cookies y Política de Privacidad.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.