Preguntas etiquetadas con molecular-dynamics

He ejecutar el código de dinámica molecular (MD) GROMACS en un clúster Linux Ubuntu que consta de nodos que contienen 24 CPUs Intel Xeon. Mi punto de interés particular resulta ser algo sensible a la precisión aritmética de coma flotante, por lo que he tenido que ejecutar GROMACS con doble …

17 hpc  floating-point  molecular-dynamics  gpu 

Me gustaría saber si hay una manera rápida de calcular la distancia euclidiana de dos vectores en Octave. Parece que no hay una función especial para eso, así que ¿debería usar la fórmula con sqrt?

16 octave  discretization  nonlinear-equations  newton-method  visualization  fluid-dynamics  mesh-generation  finite-element  finite-volume  optimization  algorithms  approximation  fluid-dynamics  navier-stokes  comsol  modeling  optimization  sparse-matrix  matrix  condition-number  visualization  matlab  quadrature  blas  intel-mkl  finite-element  gpu  discontinuous-galerkin  mathematica  optimization  convex-optimization  algorithms  reference-request  matlab  statistics  finite-element  numerical-analysis  petsc  molecular-dynamics  machine-learning  statistics  visualization  open-source  statistics  image-processing  visualization  python  petsc  finite-element  fluid-dynamics  stability  navier-stokes  incompressible 

Estoy ejecutando simulaciones de dinámica molecular (MD) usando varios paquetes de software, como Gromacs y DL_POLY. Gromacs ahora admite los algoritmos de descomposición de partículas y de descomposición de dominio. Por defecto, las simulaciones de Gromacs utilizan la descomposición de dominio, aunque durante muchos años, hasta hace poco, la descomposición …

15 parallel-computing  efficiency  molecular-dynamics  simulation 

Soy nuevo en las simulaciones de dinámica molecular (MD). ¿Cuál es la complejidad de una simulación de dinámica molecular en términos de tiempo de simulación? En otras palabras, si quiero aumentar el tiempo simulado de 10 nanosegundos a 20 nanosegundos, ¿qué puedo esperar en términos del aumento del tiempo de …

14 molecular-dynamics  complexity 

En un sistema donde la energía debería conservarse teóricamente, la simulación más precisa conservaría la energía (además de proporcionar posiciones precisas, velocidades, etc.). RK4 es más preciso que leapfrog, pero leapfrog conserva energía y RK4 no. ¿Por qué es esto?

13 computational-physics  time-integration  molecular-dynamics  runge-kutta 

Estoy ejecutando simulaciones de dinámica molecular del agua con fines de prueba. El cuadro es bastante pequeño, si le preguntas a un chico que ejecuta MD clásico, y relativamente grande, si le preguntas a un chico DFT: tengo 58 moléculas de agua en condiciones límite periódicas. Para ahorrar tiempo de …

9 molecular-dynamics  density-functional-theory 

Estoy tratando de optimizar algunos parámetros del campo de fuerza en un marco molecular para que el resultado de la simulación se acerque lo más posible a la estructura experimental. En el pasado, he escrito un algoritmo genético donde esencialmente muestro aleatoriamente el espacio de parámetros, selecciono la combinación que …

8 optimization  molecular-dynamics  conjugate-gradient 

Estoy tratando de hacer MD en vapor de agua. Como sé, existen algunos modelos de agua para agua líquida, como SPC, SPC / E, TIP3P, pero ¿se aplicarán también al estado de vapor del agua? ¿Y cuál es la diferencia de las simulaciones de agua líquida y vapor?

8 molecular-dynamics