Preguntas etiquetadas con computational-chemistry

Recientemente me encontré con una formulación del meta-fenómeno : " dos es fácil, tres es difícil " (redactado de esta manera por Federico Poloni), que se puede describir de la siguiente manera: Cuando se formula un cierto problema para dos entidades, es relativamente fácil de resolver; sin embargo, un algoritmo …

29 linear-algebra  computational-physics  computational-geometry  computational-chemistry 

Finalmente has logrado descubrir cómo están dispuestos espacialmente los átomos en tu entidad molecular recién descubierta. A través de, por ejemplo, medios espectroscópicos, ahora está en posesión de un montón de coordenadas de átomos, tipos de átomos, longitudes de enlaces, tipos de enlaces y otras cosas para su molécula. Ahora …

18 computational-chemistry 

Leí sobre ciencia computacional en Wikipedia, pero mi comprensión no es muy clara. ¿La ciencia computacional involucra programación? ¿Cuán diferente es la ciencia computacional de la computacional _ ____ , donde el espacio en blanco podría ser cualquier disciplina (ciencia de materiales, ingeniería, química, biología, etc.)? (Haré ciencia computacional de …

16 computational-chemistry  education 

Específicamente, quiero extender el trabajo que involucra B3LYP comenzó con Gaussian 03 pero continuó con GAMESS-US. Las energías proporcionadas por los métodos B3LYP predeterminados no son las mismas. Hay una discusión sobre esto en el manual GAMESS-US (sección de información adicional): Tenga en cuenta que B3LYP en GAMESS se basa …

15 computational-chemistry  density-functional-theory 

¿Qué es exactamente la corrección de contrapeso? ¿Puedes explicar cuándo es necesario y por qué?

15 computational-chemistry  basis-set 

¿Hay casos en que Hartree-Fock no es una buena aproximación para calcular la geometría de equilibrio cuando la molécula se encuentra en una condición de ruptura de enlaces?

14 computational-chemistry  hartree-fock 

Soy nuevo en programación y estoy tratando de resolver mi primer gran problema y escribir mi primer gran programa. He buscado ejemplos de código abierto de código para aprender, pero hasta ahora solo he encontrado código en idiomas que no entiendo completamente o que hace cosas relacionadas pero aún muy …

12 computational-chemistry  python  visualization 

Las proteínas generalmente se representan en forma de dibujos animados, con láminas β como flechas y hélices α como bobinas: Me pregunto, ¿hay alguna referencia que describa la construcción de esta representación? Es decir, ¿qué objetos matemáticos se utilizan para construir estos gráficos y en qué átomos / direcciones se …

12 computational-chemistry  visualization 

¿Existe algún algoritmo que enumere las gráficas que corresponden a alguna teselación de puntos de Delaunay en 3D? Si es así, ¿hay una parametrización eficiente de las geometrías que corresponden a cualquier "gráfico de Delaunay"? Estoy buscando enumerar sistemáticamente todas las geometrías estables de moléculas de una composición específica sin …

12 algorithms  computational-chemistry  delaunay-triangulation 

Estoy produciendo imágenes 1d y 2d usando Matlab en este momento para comparar la precisión con un modelo dado. Necesito comparar mis métodos con el modelo gaussiano estándar .wfn y lo haré analizando la densidad de una molécula y la laplaciana. Estoy interesado en producir imágenes en 2D de las …

11 matlab  computational-chemistry  publications 

Me gustaría visualizar una vibración molecular que no es un modo normal. Me gustaría presentar una representación estática, vectorial del movimiento, y me gustaría cierta flexibilidad en el estilo vectorial (tamaño, color, etc.). También estoy interesado en producir un video de la vibración. ¿Cuáles son algunos buenos recursos para mostrar …

11 computational-chemistry 

En el método de campo autoconsistente de Hartree-Fock para resolver la ecuación electrónica de Schroedinger independiente del tiempo, buscamos minimizar la energía del estado fundamental, , de un sistema de electrones en un campo externo con respecto a la elección de los orbitales giratorios, { χ i } .E0E0E_{0}{χi}{χi}\{\chi_{i}\} Hacemos …

10 computational-chemistry  iterative-method  convergence  hartree-fock 

Se dice que algunos conjuntos de bases son "consistentes en correlación". ¿Qué significa en la práctica?

10 computational-chemistry  basis-set 

Estoy tratando de modelar la conducción de calor dentro de un cilindro de madera usando métodos implícitos de diferencias finitas. La ecuación de calor general que estoy usando para formas cilíndricas y esféricas es: Donde p es el factor de forma, p = 1 para el cilindro y p = …

8 matlab  matrix  finite-difference  computational-chemistry  implicit-methods 

Me gustaría probar la influencia de los parámetros de solvatación en los modelos de solvatación implícitos y preguntarme qué códigos están disponibles gratuitamente como programas independientes para el plegamiento de proteínas de proteínas pequeñas, y cuáles usan enfoques de minimización de energía en lugar de dinámica, por lo que no …

8 computational-chemistry  computational-biology