¿Qué herramientas de código abierto están disponibles para visualizar las vibraciones moleculares?

Me gustaría visualizar una vibración molecular que no es un modo normal. Me gustaría presentar una representación estática, vectorial del movimiento, y me gustaría cierta flexibilidad en el estilo vectorial (tamaño, color, etc.). También estoy interesado en producir un video de la vibración.

¿Cuáles son algunos buenos recursos para mostrar vibraciones moleculares?

Prefiero las herramientas de código abierto, pero me entretendré utilizando software comercial si realmente es mejor que las alternativas.

¿ Pymol o VMD serían una herramienta adecuada para sus necesidades de video? (VMD al menos incluye características de secuencias de comandos Tk / Tcl). Necesitaría una descripción similar a PDB de su geometría para usar VMD; esto probablemente también sea suficiente para Pymol (pero no he usado Pymol, por lo que tal vez alguien más pueda comentar sobre eso).

La forma en que lo haría probablemente sería:

1. Pon la geometría molecular en Avogadro
2. Configure la vista para que sea exactamente como la quiero
3. Exportar a POVRay , no renderizar pero mantener el archivo de entrada
4. Determine qué átomo es cuál en el archivo POVRay
5. Agregue vectores usando cilindros y conos (probablemente usando una macro para definir un vector para hacerlo más fácil y visualmente consistente)

Avogadro también puede procesar secuencias de entrada con formato XYZ para animaciones usando POVRay y ffmpeg, pero no es algo que haya intentado ya que estoy usando Windows en este momento y Avogadro no parece tener una opción para especificar dónde se puede ejecutar el povray ejecutable es si no está en tu camino.

Una vez más, dependiendo de si eres un aficionado a Python o no, también puedes establecer las fuerzas en los átomos usando la consola Avogadro Python y luego usar la visualización del vector de fuerza en Avogadro, pero eso tampoco es algo que haya intentado.

Sin embargo, no conozco ninguna herramienta perfectamente conveniente que te permita poner parámetros vibratorios directamente y visualizarlos o animarlos.

Hay un nuevo complemento VMD NMWiz que podría ser útil. NMWiz significa Asistente de modo normal, pero ayudará a visualizar cualquier vector que describa una vibración. NMWiz está disponible en la última versión de VMD, 1.9.1, que ahora es una prueba beta.

El formato de archivo de entrada para NMWiz es simple, llamado NMD . Una línea para coordenadas y otra línea para su vector es suficiente. Puede mostrar flechas, escalar, cambiar el tamaño, colorearlas de la manera que desee. También puede generar animaciones (vibraciones) al generar una trayectoria sobre la marcha y puede hacer una película de alta calidad con VMD.

No conozco ninguna herramienta preparada ("señalar y hacer clic") para esa tarea. Pero usando una combinación de

1. Un breve script de Python
2. El juego de herramientas de modelado molecular
3. Quimera o VMD

puede obtener un buen resultado rápidamente, dado algún conocimiento de Python. De hecho, se proporciona un script muy similar como ejemplo con Molecular Modeling Toolkit. Mire Ejemplos / Visualización / vector_field_chimera.py o Ejemplos / Visualización / vector_field_vmd.py. Debe reemplazar el cálculo del modo normal por lo que sea necesario para obtener sus datos de vibración en el script.

¿Has mirado en Molekel ? Si solo necesita superposiciones (no fraccionarias) de vibraciones, Molekel debe satisfacer sus necesidades.

NWChem incluye un script para convertir una lista de coordenadas xyz en una película. NWChem es OSS bajo licencia de estilo Apache, por lo que puede reutilizarlo como desee.

Para la visualización de vibraciones moleculares, utilizo Molden, ECCE, Avogadro y Jmol. Todos son OSS (ECCE es solo recientemente). Es posible que puedas hackearlos para que hagan lo que quieras.