Preguntas etiquetadas con genetics

Estoy un poco confundido acerca de la selección de funciones y el aprendizaje automático y me preguntaba si podrían ayudarme. Tengo un conjunto de datos de microarrays que se clasifica en dos grupos y tiene miles de características. Mi objetivo es obtener una pequeña cantidad de genes (mis características) (10-20) …

76 machine-learning  classification  cross-validation  feature-selection  genetics 

En otras palabras, según lo siguiente, ¿qué es p? Para hacer de esto un problema matemático en lugar de antropología o ciencias sociales, y para simplificar el problema, suponga que los compañeros se seleccionan con la misma probabilidad en toda la población, excepto que los hermanos y primos hermanos nunca …

26 probability  stochastic-processes  genetics 

Tengo valores de p de muchas pruebas y me gustaría saber si realmente hay algo significativo después de corregir las pruebas múltiples. La complicación: mis pruebas no son independientes. El método en el que estoy pensando (una variante del Método del producto de Fisher, Zaykin et al., Genet Epidemiol , …

24 correlation  multiple-comparisons  statistical-significance  genetics 

La precisión se define como: p = true positives / (true positives + false positives) ¿Es cierto que, como true positivesy false positivesenfoque 0, la precisión se aproxima a 1? La misma pregunta para recordar: r = true positives / (true positives + false negatives) Actualmente estoy implementando una prueba …

20 precision-recall  data-visualization  logarithm  references  r  networks  data-visualization  standard-deviation  probability  binomial  negative-binomial  r  categorical-data  aggregation  plyr  survival  python  regression  r  t-test  bayesian  logistic  data-transformation  confidence-interval  t-test  interpretation  distributions  data-visualization  pca  genetics  r  finance  maximum  probability  standard-deviation  probability  r  information-theory  references  computational-statistics  computing  references  engineering-statistics  t-test  hypothesis-testing  independence  definition  r  censoring  negative-binomial  poisson-distribution  variance  mixed-model  correlation  intraclass-correlation  aggregation  interpretation  effect-size  hypothesis-testing  goodness-of-fit  normality-assumption  small-sample  distributions  regression  normality-assumption  t-test  anova  confidence-interval  z-statistic  finance  hypothesis-testing  mean  model-selection  information-geometry  bayesian  frequentist  terminology  type-i-and-ii-errors  cross-validation  smoothing  splines  data-transformation  normality-assumption  variance-stabilizing  r  spss  stata  python  correlation  logistic  logit  link-function  regression  predictor  pca  factor-analysis  r  bayesian  maximum-likelihood  mcmc  conditional-probability  statistical-significance  chi-squared  proportion  estimation  error  shrinkage  application  steins-phenomenon 

En estudios de asociación de genoma completo (GWAS): ¿Cuáles son los componentes principales? ¿Por qué se usan? ¿Cómo se calculan? ¿Se puede realizar un estudio de asociación de todo el genoma sin usar PCA?

20 pca  genetics  gwas 

En los estudios de expresión génica que utilizan microarrays, los datos de intensidad deben normalizarse para poder comparar las intensidades entre individuos, entre genes. Conceptualmente y algorítmicamente, ¿cómo funciona la "normalización de cuantiles" y cómo se lo explicaría a un no estadístico?

15 genetics  normalization  microarray 

Espero que alguien en estos foros pueda ayudarme con este problema básico en los estudios de expresión génica. Hice una secuenciación profunda de un tejido experimental y uno de control. Luego obtuve valores de enriquecimiento doble de genes en la muestra experimental sobre el control. El genoma de referencia tiene …

13 r  genetics  bioinformatics  microarray  biostatistics 

Fondo biologico Con el tiempo, algunas especies de plantas tienden a duplicar sus genomas completos, obteniendo una copia adicional de cada gen. Debido a la inestabilidad de esta configuración, muchos de estos genes se eliminan y el genoma se reorganiza y se estabiliza, listo para duplicarse nuevamente. Estos eventos de …

11 generalized-linear-model  contingency-tables  fishers-exact  genetics  bioinformatics 

Si planteo la hipótesis de que la firma de un gen identificará a los sujetos con un riesgo menor de recurrencia, es decir, disminuir en 0.5 (razón de riesgo de 0.5) la tasa de eventos en el 20% de la población y tengo la intención de usar muestras de un …

11 survival  power-analysis  genetics 

¿Por qué se usaría la edad y la edad al cuadrado como covariables en un estudio de asociación genética? Puedo entender el uso de la edad si se ha identificado como una covariable significativa, pero no sé cómo usar el cuadrado de la edad.

11 multiple-regression  polynomial  predictor  bioinformatics  genetics 

Estoy tratando de resumir lo que entendí hasta ahora en el análisis multivariado penalizado con conjuntos de datos de alta dimensión, y todavía me cuesta obtener una definición adecuada de la penalización de umbral suave frente a la penalización Lasso (o ).L1L1L_1 Más precisamente, utilicé una regresión PLS dispersa para …

11 multivariate-analysis  lasso  feature-selection  genetics 

Tengo una matriz , donde p es el número de genes yn es el número de pacientes. Cualquiera que haya trabajado con estos datos sabe que p siempre es mayor que n . Usando la selección de características, pude obtener p a un número más razonable, sin embargo, p es …

10 correlation  pca  genetics  covariance  distance-functions 

Tome 20 puntos aleatorios en un espacio de 10.000 dimensiones con cada coordenada iid de . Divídalos en 10 pares ("parejas") y agregue el promedio de cada par ("un niño") al conjunto de datos. Luego haga PCA en los 30 puntos resultantes y trace PC1 vs PC2.norte( 0 , 1 …

9 pca  python  high-dimensional  genetics  gwas 

Tengo dos conjuntos de datos de estudios de asociación de todo el genoma. La única información disponible es la razón de posibilidades y el valor p para el primer conjunto de datos. Para el segundo conjunto de datos tengo la Odds Ratio, el valor p y las frecuencias alélicas (AFD …

9 meta-analysis  genetics 

Tengo dos conjuntos de datos de estudios de asociación de todo el genoma. La única información disponible son las proporciones impares y sus intervalos de confianza (95%) para cada SNP genotipado. Deseo generar una parcela forestal que compare estas dos razones de posibilidades, pero no puedo encontrar la manera de …

9 confidence-interval  meta-analysis  genetics  odds-ratio