Ciencia computacional

Sé que la mayoría de los métodos para encontrar soluciones aproximadas a PDEs escalan mal con el número de dimensiones, y que Monte Carlo se usa para situaciones que requieren ~ 100 dimensiones. ¿Cuáles son buenos métodos para resolver eficientemente los PDE numéricos en ~ 4-10 dimensiones? 10-100? ¿Hay algún …

14 pde  monte-carlo  high-dimensional 

Estaba jugando con PETSc y noté que cuando ejecuto mi programa con más de un proceso a través de MPI , ¡parece funcionar aún más lento ! ¿Cómo puedo verificar para ver qué está pasando?

14 linear-algebra  petsc 

Los métodos de cuadrícula generalmente resuelven problemas de Dirichlet en niveles (por ejemplo, punto Jacobi o Gauss-Seidel). Cuando se utilizan métodos continuos de elementos finitos, es mucho menos costoso ensamblar pequeños problemas de Neumann que ensamblar pequeños problemas de Dirichlet. Los métodos de descomposición de dominio no superpuestos, como BDDC …

14 pde  multigrid 

Trabajo bastante en biología matemática / epidemiología, donde la mayor parte del trabajo de modelado / ciencia computacional todavía está dominado por conjuntos de EDO, es cierto que a veces son conjuntos bastante elaborados de ellos. Una de las ventajas de estos modelos es que son bastante fáciles de describir …

14 ode  computational-biology 

Soy nuevo en las simulaciones de dinámica molecular (MD). ¿Cuál es la complejidad de una simulación de dinámica molecular en términos de tiempo de simulación? En otras palabras, si quiero aumentar el tiempo simulado de 10 nanosegundos a 20 nanosegundos, ¿qué puedo esperar en términos del aumento del tiempo de …

14 molecular-dynamics  complexity 

Nuestras simulaciones de dinámica de plasma a menudo producen demasiada información. Durante las simulaciones registramos varias propiedades físicas en una cuadrícula (x, y, z, t) que es tan grande como (8192x1024x1024x1500), para al menos 10 propiedades. Esta información se procesa después de completar la simulación. Con ella hacer películas de …

14 performance  io  data-management 

¿Hay casos en que Hartree-Fock no es una buena aproximación para calcular la geometría de equilibrio cuando la molécula se encuentra en una condición de ruptura de enlaces?

14 computational-chemistry  hartree-fock 

Supongamos que tengo dos archivos VTK, ambos en formato de cuadrícula estructurada. Las cuadrículas estructuradas son las mismas (tienen la misma lista de puntos, en el mismo orden), y hay un campo, llamado "Phi", en cada archivo VTK. Quiero crear un tercer archivo VTK, nuevamente con la misma cuadrícula estructurada, …

14 visualization  vtk 

Tengo un problema de programación de enteros mixtos. Y estoy actual usando GLPK como mi solucionador. Pero descubrí que GLPK es bueno para el problema de programación lineal, pero para la programación de enteros mixtos, requiere mucho más tiempo, por lo tanto, no cumple con nuestros requisitos. Estoy buscando otro …

14 optimization  software  linear-programming  mixed-integer-programming 

Muchas de las bibliotecas de C ++ más conocidas en ciencia computacional como Eigen , Trilinos y deal.II usan el objeto de biblioteca de encabezado de plantilla C ++ estándar std::complex<>, para representar números complejos de punto flotante. En la respuesta de Jack Poulson a una pregunta sobre constructores predeterminados, …

14 linear-algebra  c++  programming-paradigms  complex 

Estoy muy interesado en la física computacional y es muy divertido estudiar estos temas. Como estoy planeando ir un semestre al extranjero, me preguntaba qué universidades son conocidas por la física computacional. ¿Especialmente en lo que respecta a las universidades en los Estados Unidos? Soy consciente de que la física …

14 education 

Supongamos que estoy usando un generador de números pseudoaleatorio congruencia lineal (PRNG). Dada una semilla , el factor de multiplicación (a), el factor de desplazamiento (c) y el factor de módulo (m), ¿cómo puedo determinar el período de mi PRNG? ¿Lo determino mediante algoritmos de experimentación / detección de patrones, …

14 random-number-generation 

Al aplicar la fórmula clásica para el ángulo entre dos vectores: α=arccosv1⋅v2∥v1∥∥v2∥α=arccos⁡v1⋅v2‖v1‖‖v2‖\alpha = \arccos \frac{\mathbf{v_1} \cdot \mathbf{v_2}}{\|\mathbf{v_1}\| \|\mathbf{v_2}\|} se encuentra que, para ángulos muy pequeños / agudos, hay una pérdida de precisión y el resultado no es exacto. Como se explica en esta respuesta de Stack Overflow , una solución …

14 algorithms  precision  numerical-limitations 

La física, la biología, la química, etc. tienen diferentes conjuntos de reglas para hacer experimentos: qué eventos se consideran relevantes, cómo evitar la contaminación de las muestras, cómo crear y reparar un proceso de reproducción, etc. ¿Cuáles son los estándares, protocolos y mejores prácticas para garantizar la precisión y la …

13 benchmarking  reproducibility  experiment 

Tengo dos gráficos con casi n ~ 100000 nodos cada uno. En ambos gráficos, cada nodo está conectado a exactamente otros 3 nodos, por lo que la matriz de adyacencia es simétrica y muy escasa. La parte difícil es que necesito todos los valores propios de la matriz de adyacencia …

13 linear-algebra  sparse-matrix  eigenvalues  matrix