La mejor manera, con mucho, es incluir todo su código como material complementario. Si es posible, también incluya archivos con las semillas aleatorias relevantes necesarias para recrear sus resultados. Esto no solo permite a las personas recrear sus resultados (lo que quizás no le interese), sino que también les permite continuar más fácilmente donde lo dejó. Esto permite nuevas colaboraciones y citas para su trabajo. Desafortunadamente, esto viene con la dificultad de obligarlo a limpiar su código y asegurarse de que esté libre de errores. Por lo tanto, es más un ideal que lo habitual en la práctica. Pero al menos, debe archivar una versión de su código que se utiliza para producir sus resultados, de esa manera, si otro investigador solicita el código, puede producirlo.
En términos de la descripción en su documento, me concentraría en una descripción independiente de alto nivel de implementación de las características novedosas clave del modelo (esta es la parte práctica que la mayoría de los buenos documentos logran). Concéntrese en las características que cambiarán el resultado cualitativamente si se modifican. La mayoría de los modelos con los que trabajo producen resultados cuantitativos, pero las cantidades específicas generalmente no son de interés, solo el comportamiento cualitativo (ya que los parámetros generalmente están lejos de ser observables en la naturaleza). Por lo tanto, me concentro en describir las partes del modelo, que si se modifica cambiarán el comportamiento cualitativo del sistema. Si esta mentalidad me obliga a describir hasta el último detalle de mi modelo hasta la implementación, entonces sé que mi modelo no es muy robusto y, por lo tanto, debería descartarse.
Una buena manera de probar si su descripción en papel es suficiente, es pedirle a un amigo (o estudiante) que no trabajó en este proyecto con usted que describa cómo podrían implementar su modelo es un pseudocódigo. Si no se atascan al intentar esto (ya que llegan a un boceto de un modelo que debería producir los mismos resultados cualitativos), entonces sabe que ha hecho un buen trabajo de descripción.