Preguntas etiquetadas con mixed-model

Estoy trabajando en un conjunto de datos para evaluar el impacto del secado en las actividades microbianas de sedimentos. El objetivo es determinar si el impacto del secado varía entre los tipos de sedimentos y / o la profundidad dentro del sedimento. El diseño experimental es el siguiente: El primer …

11 mixed-model  interaction  post-hoc  lme4-nlme 

Recientemente me dijeron que no era posible incorporar covariables variables en el tiempo en modelos longitudinales mixtos sin introducir un retraso de tiempo para estas covariables. ¿Puedes confirmar / negar esto? ¿Tiene alguna referencia sobre esta situación? Propongo una situación simple para aclarar. Suponga que he repetido medidas (por ejemplo, …

11 r  mixed-model  lme4-nlme 

Matemáticamente, a menudo se ve que las expresiones y algoritmos para la Maximización de Expectativas (EM) son a menudo más simples para modelos mixtos, sin embargo, parece que casi todo (si no todo) que se puede resolver con EM también se puede resolver con MLE (por, digamos, el método de …

11 mixed-model  maximum-likelihood  expectation-maximization 

Estoy tratando de reproducir varias pruebas de interacción entre ambas lmy lmeren medidas repetidas (2x2x2). La razón por la que quiero comparar ambos métodos es porque el GLM de SPSS para medidas repetidas produce exactamente los mismos resultados que el lmenfoque presentado aquí, por lo que al final quiero comparar …

10 anova  mixed-model  lme4-nlme  repeated-measures  lm 

Estoy tratando de calcular las predicciones de efectos aleatorios de un modelo mixto lineal a mano, y usando la notación proporcionada por Wood en modelos aditivos generalizados: una introducción con R (pg 294 / pg 307 de pdf), me estoy confundiendo sobre cada parámetro representa. A continuación se muestra un …

10 mixed-model  lme4-nlme 

Como contraparte de esta publicación , trabajé en la simulación de datos con variables continuas, prestándome a intercepciones y pendientes correlacionadas. Aunque hay excelentes publicaciones sobre este tema en el sitio y fuera del sitio , tuve dificultades para encontrar un ejemplo de principio a fin con datos simulados que …

10 regression  mixed-model  lme4-nlme 

En la lmerfunción dentro lme4de Rhay una llamada para la construcción de una matriz de modelo de efectos aleatorios, , como se explica aquí , páginas 7 - 9.ZZZ El cálculo de implica productos de KhatriRao y / o Kronecker de dos matrices, y . ZZZJyoJyoJ_iXyoXyoX_i La matriz es un …

10 r  mixed-model  lme4-nlme  matrix 

Estoy realizando pruebas post-hoc en un modelo lineal de efectos mixtos en R( lme4paquete). Estoy usando el multcomppaquete ( glht()función) para realizar las pruebas post-hoc. Mi diseño experimental es de medidas repetidas, con un efecto de bloqueo aleatorio. Los modelos se especifican como: mymod <- lmer(variable ~ treatment * time …

10 mixed-model  post-hoc  lsmeans  lme4-nlme 

Dadas tres variables, yy x, que son positivas continuas, y z, que es categórica, tengo dos modelos candidatos dados por: fit.me <- lmer( y ~ 1 + x + ( 1 + x | factor(z) ) ) y fit.fe <- lm( y ~ 1 + x ) Espero comparar estos …

10 r  hypothesis-testing  mixed-model  lme4-nlme 

Antes de hacer esta pregunta, busqué en nuestro sitio y encontré muchas preguntas similares (como aquí , aquí y aquí ). Pero creo que esas preguntas relacionadas no fueron bien respondidas o discutidas, por lo que me gustaría plantear esta pregunta nuevamente. Siento que debería haber una gran cantidad de …

10 mixed-model  residuals  heteroscedasticity  diagnostic 

Tengo el siguiente modelo m_plotequipado con lme4::lmerefectos aleatorios cruzados para los participantes ( lfdn) y los elementos ( content): Random effects: Groups Name Variance Std.Dev. Corr lfdn (Intercept) 172.173 13.121 role1 62.351 7.896 0.03 inference1 24.640 4.964 0.08 -0.30 inference2 52.366 7.236 -0.05 0.17 -0.83 inference3 21.295 4.615 -0.03 0.22 …

10 mixed-model  lme4-nlme  intraclass-correlation 

Estoy analizando los resultados de un experimento de tiempo de reacción en R. Ejecuté un ANOVA de medidas repetidas (1 factor dentro del sujeto con 2 niveles y 1 factor entre sujetos con 2 niveles). Ejecuté un modelo lineal mixto similar y quería resumir los resultados de lmer en forma …

10 anova  mixed-model  repeated-measures  lme4-nlme  degrees-of-freedom 

En el modelo mixto, suponemos que los efectos aleatorios (parámetros) son variables aleatorias que siguen distribuciones normales. Se ve muy similar al método bayesiano, en el que se supone que todos los parámetros son aleatorios. Entonces, ¿es el modelo de efectos aleatorios un tipo de caso especial del método bayesiano?

10 bayesian  mixed-model 

Siempre me han enseñado que los efectos aleatorios solo influyen en la varianza (error), y que los efectos fijos solo influyen en la media. Pero he encontrado un ejemplo en el que los efectos aleatorios también influyen en la media: la estimación del coeficiente: require(nlme) set.seed(128) n <- 100 k …

10 r  mixed-model  random-effects-model 

Hay varios hilos en R-sig-ME sobre cómo obtener intervalos de confianza para las predicciones usando lme4y nlmeen R. Por ejemplo, aquí y aquí en 2010, incluidos algunos comentarios de Dougals Bates, uno de los autores de ambos paquetes. Dudo en citarlo literalmente, por temor a que sean sacados de contexto, …

10 mixed-model