Ciencia computacional

Antecedentes: creo que podría querer portar algún código que calcule productos de vectores exponenciales de matriz utilizando un método de subespacio Krylov de MATLAB a Python. (Específicamente, la función expmvp de Jitse Niesen , que utiliza un algoritmo descrito en este documento ). Sin embargo, sé que a menos que …

29 performance  python 

Como alguien que tiene una licenciatura en física, me escandalizó un poco cuando comencé a trabajar con simulaciones moleculares. Fue un poco sorprendente descubrir que incluso las simulaciones más detalladas y computacionalmente caras no pueden reproducir cuantitativamente el comportamiento completo del agua desde los primeros principios. Anteriormente, tenía la impresión …

29 quantum-mechanics  simulation 

El problema Actualmente estoy trabajando en una simulación de elementos finitos Navier Stokes y me gustaría investigar los efectos de una variedad de parámetros. Algunos parámetros se especifican en un archivo de entrada o mediante las opciones de una línea de comando; otros parámetros se proporcionan como indicadores en un …

29 software  finite-element  python  c++ 

Recientemente me encontré con una formulación del meta-fenómeno : " dos es fácil, tres es difícil " (redactado de esta manera por Federico Poloni), que se puede describir de la siguiente manera: Cuando se formula un cierto problema para dos entidades, es relativamente fácil de resolver; sin embargo, un algoritmo …

29 linear-algebra  computational-physics  computational-geometry  computational-chemistry 

Si tengo una matriz invertible cuadrada y tomo su determinante, y encuentro que , ¿implica esto que la matriz está mal condicionada?det(A)≈0det(A)≈0\det(A) \approx 0 ¿Lo inverso también es cierto? ¿Una matriz mal acondicionada tiene un determinante casi cero? Aquí hay algo que probé en Octave: a = rand(4,4); det(a) %0.008 …

29 linear-algebra  condition-number 

¿Quieres mejorar esta publicación? Proporcione respuestas detalladas a esta pregunta, incluidas citas y una explicación de por qué su respuesta es correcta. Las respuestas sin suficiente detalle pueden ser editadas o eliminadas. La versión 3.0 del estándar MPI eliminó formalmente la interfaz C ++ (anteriormente estaba en desuso). Si bien …

28 c++  mpi 

Esta pregunta se migró de Stack Overflow porque se puede responder en Computational Science Stack Exchange. Migrado hace 7 años . ¿Existen problemas / algoritmos famosos en la informática científica que no puedan acelerarse mediante paralelización? Al leer libros sobre CUDA me parece que la mayoría de las cosas pueden …

27 parallel-computing 

En estadística y sus diversas aplicaciones, a menudo calculamos la matriz de covarianza , que es positiva definida (en los casos considerados) y simétrica, para varios usos. A veces, necesitamos el inverso de esta matriz para varios cálculos (formas cuadráticas con este inverso como la (única) matriz central, por ejemplo). …

27 linear-algebra  matrix 

EDITAR: Estoy probando si algún valor propio tiene una magnitud de uno o más. Necesito encontrar el valor propio absoluto más grande de una gran matriz dispersa, no simétrica. He estado usando la eigen()función de R , que usa el algoritmo QR de EISPACK o LAPACK para encontrar todos los …

27 linear-algebra  algorithms  eigensystem  sparse-matrix 

Sé y he usado f2py2e para envolver un código Fortran 77 antiguo, pero entiendo que no funciona con el código Fortran 95 más nuevo. He investigado qué debo usar, y he encontrado fwrap y G3 f2py, ninguno de los cuales parece dar una explicación de su estado actual o cómo …

27 python  fortran 

Quiero modificar una matriz de transición cuadrada densa en el lugar cambiando el orden de varias de sus filas y columnas, usando la biblioteca numpy de python. Matemáticamente, esto corresponde a la multiplicación previa de la matriz por la matriz de permutación P y la multiplicación posterior por P ^ …

27 linear-algebra  python  numpy 

Uno de los principales problemas con los que tenemos que lidiar en las simulaciones moleculares es el cálculo de las fuerzas dependientes de la distancia. Si podemos restringir las funciones de fuerza y ​​distancia para tener potencias iguales de la distancia de separación , entonces podemos calcular el cuadrado de …

26 efficiency 

Esta pregunta se migró de Mathematics Stack Exchange porque se puede responder en Computational Science Stack Exchange. Migrado hace 6 años . Estoy a punto de comenzar a trabajar en una biblioteca de software de solucionadores numéricos de EDO , y estoy luchando sobre cómo formular pruebas para las implementaciones …

26 ode 

He estado buscando bibliotecas de álgebra lineal de C ++ para un proyecto en el que he estado trabajando. Algo que aún no entiendo es la conexión de BLAS y LAPACK a otras bibliotecas de álgebra lineal. Al revisar este artículo sobre bibliotecas de álgebra lineal , encontré interesante que: …

26 linear-algebra  software  lapack  blas 

No estoy muy familiarizado con los esquemas comunes de discretización para PDEs. Sé que Crank-Nicolson es un esquema popular para discretizar la ecuación de difusión. ¿También es una buena opción para el término de advección? Estoy interesado en resolver la ecuación Reacción-Difusión-Advección , ∂u∂t+∇⋅(vu−D∇u)=f∂u∂t+∇⋅(vu−D∇u)=f\frac{\partial u}{\partial t} + \nabla \cdot \left( …

26 pde  discretization  advection  diffusion