Ciencia computacional

Estoy tratando de implementar la siguiente función en coma flotante de doble precisión con un error relativo bajo : logsum(x,y)=log(exp(x)+exp(y))logsum(x,y)=log⁡(exp⁡(x)+exp⁡(y))\mathrm{logsum}(x,y) = \log(\exp(x) + \exp(y)) Esto se usa ampliamente en aplicaciones estadísticas para agregar probabilidades o densidades de probabilidad que se representan en el espacio logarítmico. Por supuesto, exp(x)exp⁡(x)\exp(x) o exp(y)exp⁡(y)\exp(y) …

18 floating-point  stability  numerics 

Finalmente has logrado descubrir cómo están dispuestos espacialmente los átomos en tu entidad molecular recién descubierta. A través de, por ejemplo, medios espectroscópicos, ahora está en posesión de un montón de coordenadas de átomos, tipos de átomos, longitudes de enlaces, tipos de enlaces y otras cosas para su molécula. Ahora …

18 computational-chemistry 

Estoy desarrollando un código para simular el flujo de fluidos con sustancias biológicas presentes en el flujo. Esto implica las ecuaciones estándar de Navier-Stokes acopladas a algunos modelos biológicos adicionales. Hay muchos parámetros / constantes. He escrito funciones para manejar los cálculos principales, pero un problema que tengo es la …

17 c++ 

Dadas dos implementaciones de BLAS diferentes, ¿podemos esperar que hagan exactamente los mismos cálculos de coma flotante y devuelvan los mismos resultados? ¿O puede suceder, por ejemplo, que uno calcule un producto escalar como y uno como por lo que posiblemente da un resultado diferente en el punto flotante IEEE …

17 floating-point  blas 

Soy un estudiante de Ingeniería Mecánica interesado en el campo de la ingeniería aeroespacial donde, según me han dicho, Fortran todavía se usa comúnmente. ¿Qué versión de Fortran debo invertir mi tiempo para aprender?

17 fortran 

Estoy escribiendo una pequeña biblioteca para cálculos de matriz dispersos como una forma de enseñarme a mí mismo a hacer el mejor uso de la programación orientada a objetos. He trabajado muy duro para tener un buen modelo de objetos, donde las partes (matrices dispersas y los gráficos que describen …

17 linear-algebra  sparse-matrix  oop 

Hay dos enfoques generales para representar soluciones en el método de Galerkin discontinuo: nodal y modal. Modal : Soluciones están representados por sumas de coeficientes modales multiplicado por un conjunto de polinomios, por ejemplo, donde φ i es por lo general ortogonal polinomios, por ejemplo de Legendre . Una ventaja …

17 fluid-dynamics  discontinuous-galerkin 

Solo tenía curiosidad por saber por qué los métodos Runge – Kutta de alto orden (es decir, mayores de 4) casi nunca se discuten / emplean (al menos que yo sepa). Entiendo que requiere un mayor tiempo de cómputo por paso (por ejemplo, RK14 con paso incorporado de 12 ° …

17 ode  runge-kutta 

Necesito escribir algunos datos de un cálculo, que serán leídos más tarde por Paraview (archivo .vtu o vtk). Cuando se trata del tamaño del archivo, ¿debo elegir el formato ASCII o el formato binario?

17 visualization  paraview  vtk 

¿Cuál es mejor: FORTRAN o Python? Y supongo que en ambos casos necesitas a Gnuplot, ¿estoy en lo cierto? Estoy trabajando en una máquina con Windows en este momento. Me gustaría usarlo para obtener soluciones numéricas para problemas de física, incluidas simulaciones de Monte-Carlo, integración y diferenciación numérica, dinámica molecular, …

17 python  fortran 

Estoy buscando un software de generación de mallas que es gratis y de código abierto, proporciona una interfaz de secuencia de comandos sana para la especificación de dominio, funciona para geometrías complejas, puede generar mallas 2D y 3D, ¿Que opciones tengo?

17 mesh-generation 

He ejecutar el código de dinámica molecular (MD) GROMACS en un clúster Linux Ubuntu que consta de nodos que contienen 24 CPUs Intel Xeon. Mi punto de interés particular resulta ser algo sensible a la precisión aritmética de coma flotante, por lo que he tenido que ejecutar GROMACS con doble …

17 hpc  floating-point  molecular-dynamics  gpu 

Acabo de instalar una tarjeta gráfica Nvidia GT660 en mi escritorio y, después de una lucha, me las arreglo para interactuar con R. He estado jugando con varios paquetes de R que las GPU utilizando, especialmente gputools, y yo estaba comparando el tiempo empleado por mi GPU y CPU para …

17 r  gpu 

Gran parte de mi propio trabajo gira en torno a mejorar la escala de los algoritmos, y una de las formas preferidas de mostrar la escala paralela y / o la eficiencia paralela es trazar el rendimiento de un algoritmo / código sobre el número de núcleos, por ejemplo donde …

17 parallel-computing  hpc  scaling  plotting 

Supongamos que tengo alguna función y quiero encontrar tal que . Puede ser que utilice el método de Newton-Raphson. Pero esto requiere que sé que el derivado de la función . Una expresión analítica para puede no estar disponible. Por ejemplo, puede definirse mediante un código informático complicado que consulta …

17 reference-request  approximation