Preguntas etiquetadas con lme4-nlme

Hay mucha discusión en este foro sobre la forma correcta de especificar varios modelos jerárquicos utilizando lmer. Pensé que sería genial tener toda la información en un solo lugar. Un par de preguntas para comenzar: Cómo especificar múltiples niveles, donde un grupo está anidado dentro del otro: ¿es (1|group1:group2)o (1+group1|group2)? …

160 r  mixed-model  random-effects-model  fixed-effects-model  lme4-nlme 

Así es como he entendido los efectos aleatorios anidados versus cruzados: Los efectos aleatorios anidados ocurren cuando un factor de nivel inferior aparece solo dentro de un nivel particular de un factor de nivel superior. Por ejemplo, alumnos dentro de las clases en un punto fijo en el tiempo. En …

88 r  mixed-model  multilevel-analysis  lme4-nlme 

Si estamos ajustando un glmer, podemos recibir una advertencia que nos dice que el modelo está teniendo dificultades para converger ... por ejemplo >Warning message: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, : Model failed to converge with max|grad| = 0.00389462 (tol = 0.001) Otra forma de verificar la convergencia …

88 r  mixed-model  lme4-nlme 

Ajustar una regresión logística usando lme4 termina con Error in mer_finalize(ans) : Downdated X'X is not positive definite. Una causa probable de este error es aparentemente la deficiencia de rango. ¿Qué es la deficiencia de rango y cómo debo abordarla?

87 r  logistic  lme4-nlme 

Tengo adaptarse a unos modelos de efectos mixtos (en particular los modelos longitudinales) utilizando lme4en R, pero me gustaría realmente dominar los modelos y el código que va con ellos. Sin embargo, antes de sumergirme con los dos pies (y comprar algunos libros), quiero estar seguro de que estoy aprendiendo …

85 r  mixed-model  lme4-nlme 

Yo uso lme4 en R para ajustar el modelo mixto lmer(value~status+(1|experiment))) donde el valor es continuo, el estado y el experimento son factores, y obtengo Linear mixed model fit by REML Formula: value ~ status + (1 | experiment) AIC BIC logLik deviance REMLdev 29.1 46.98 -9.548 5.911 19.1 Random …

56 r  hypothesis-testing  mixed-model  p-value  lme4-nlme 

Solía ​​pensar que el "modelo de efectos aleatorios" en econometría corresponde a un "modelo mixto con intercepción aleatoria" fuera de la econometría, pero ahora no estoy seguro. ¿Lo hace? Econometría utiliza términos como "efectos fijos" y "efectos aleatorios" de forma algo diferente de la literatura sobre modelos mixtos, y esto …

56 mixed-model  econometrics  panel-data  lme4-nlme  plm 

Recientemente medí cómo se adquiere el significado de una nueva palabra sobre exposiciones repetidas (práctica: del día 1 al día 10) midiendo ERP (EEG) cuando la palabra se veía en diferentes contextos. También controlé las propiedades del contexto, por ejemplo, su utilidad para el descubrimiento del nuevo significado de las …

55 r  mixed-model  lme4-nlme  random-effects-model 

Me pregunto si hace una diferencia en la interpretación si solo el dependiente, tanto el dependiente como el independiente, o solo las variables independientes se transforman logarítmicamente. Considere el caso de log(DV) = Intercept + B1*IV + Error Puedo interpretar el IV como el porcentaje de aumento, pero ¿cómo cambia …

46 regression  data-transformation  interpretation  regression-coefficients  logarithm  r  dataset  stata  hypothesis-testing  contingency-tables  hypothesis-testing  statistical-significance  standard-deviation  unbiased-estimator  t-distribution  r  functional-data-analysis  maximum-likelihood  bootstrap  regression  change-point  regression  sas  hypothesis-testing  bayesian  randomness  predictive-models  nonparametric  terminology  parametric  correlation  effect-size  loess  mean  pdf  quantile-function  bioinformatics  regression  terminology  r-squared  pdf  maximum  multivariate-analysis  references  data-visualization  r  pca  r  mixed-model  lme4-nlme  distributions  probability  bayesian  prior  anova  chi-squared  binomial  generalized-linear-model  anova  repeated-measures  t-test  post-hoc  clustering  variance  probability  hypothesis-testing  references  binomial  profile-likelihood  self-study  excel  data-transformation  skewness  distributions  statistical-significance  econometrics  spatial  r  regression  anova  spss  linear-model 

EDIT 2: originalmente pensé que necesitaba ejecutar un ANOVA de dos factores con medidas repetidas en un factor, pero ahora creo que un modelo lineal de efectos mixtos funcionará mejor para mis datos. Creo que casi sé lo que debe suceder, pero todavía estoy confundido por algunos puntos. Los experimentos …

41 r  anova  mixed-model  repeated-measures  lme4-nlme 

Derivar numéricamente los MLE s de GLMM es difícil y, en la práctica, lo sé, no debemos usar la optimización de la fuerza bruta (por ejemplo, usarla optimde una manera simple). Pero para mi propio propósito educativo, quiero probarlo para asegurarme de que entiendo correctamente el modelo (vea el código …

37 r  maximum-likelihood  optimization  lme4-nlme 

Quiero obtener un intervalo de predicción alrededor de una predicción de un modelo lmer (). He encontrado alguna discusión sobre esto: http://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/24365_2803ab8299934e888a60e7b16113f619.html http://glmm.wikidot.com/faq pero parecen no tener en cuenta la incertidumbre de los efectos aleatorios. Aquí hay un ejemplo específico. Estoy compitiendo con peces dorados. Tengo datos sobre las últimas …

37 r  mixed-model  prediction  prediction-interval  lme4-nlme 

EffectsEl paquete proporciona una manera muy rápida y conveniente de graficar los resultados del modelo de efectos mixtos lineales obtenidos a través delme4 paquete . La effectfunción calcula los intervalos de confianza (IC) muy rápidamente, pero ¿qué tan confiables son estos intervalos de confianza? Por ejemplo: library(lme4) library(effects) library(ggplot) data(Pastes) …

36 r  mixed-model  confidence-interval  effects  lme4-nlme 

Recientemente me di cuenta de que un modelo mixto con solo sujeto como factor aleatorio y los otros factores como factores fijos es equivalente a un ANOVA cuando se establece la estructura correlacional del modelo mixto en simetría compuesta. Por lo tanto, me gustaría saber qué significa la simetría compuesta …

35 correlation  anova  mixed-model  lme4-nlme 

Tengo datos recopilados de un experimento organizado de la siguiente manera: Dos sitios, cada uno con 30 árboles. 15 son tratados, 15 son control en cada sitio. De cada árbol, tomamos muestras de tres piezas del tallo y tres piezas de las raíces, por lo que 6 muestras de nivel …

34 r  mixed-model  model  nested-data  lme4-nlme