Ciencia computacional

Estoy tratando de hacer MD en vapor de agua. Como sé, existen algunos modelos de agua para agua líquida, como SPC, SPC / E, TIP3P, pero ¿se aplicarán también al estado de vapor del agua? ¿Y cuál es la diferencia de las simulaciones de agua líquida y vapor?

8 molecular-dynamics 

Parece que Matlab eigsme está dando malas aproximaciones de los vectores propios más pequeños de una matriz. Supongo que puedo usar algunos métodos más lentos que también serían más precisos ... Estoy buscando encontrar el segundo vector propio más pequeño de una matriz lapalciana (conocido como el vector "fiedler"). Sé, …

8 eigensystem  matlab 

Escribo códigos en Fortran y C para varios algoritmos matriciales. Sin embargo, cuando perfilo mis códigos usando VTune, generalmente encuentro alguna terminología que no puedo apreciar completamente. ¿Existe un buen recurso para aprender la creación de perfiles desde cero a un nivel bastante avanzado? Aunque estoy deseando perfilar códigos numéricos, …

8 parallel-computing  reference-request 

Necesito calcular solo un pequeño número de componentes de Fourier de baja frecuencia de una matriz compleja de 2 dimensiones. Calcularé los mismos componentes de Fourier una y otra vez a medida que cambie la matriz de entrada. Claramente, en el límite donde solo quiero un componente de Fourier, sería …

8 matlab  fourier-analysis 

Según tengo entendido, el orden en que se reciben los mensajes MPI punto a punto sin bloqueo (Isend e Irecv) es coherente con el orden en que se envían. ¿Hay alguna técnica para dar prioridad a ciertos mensajes sobre otros? Por ejemplo, tenemos un algoritmo multinivel en el que las …

8 mpi 

He implementado CG en FORTRAN al vincularlo a Intel MKL. Cuando hay declaraciones como: ( Consulte Wikipedia ) p=r; x=x+alpha*p r=r-alpha*Ap; o similares en QMR (en una cantidad mucho mayor) v_tld = r; y = v_tld; rho = norm( y ); w_tld = r; z = w_tld; xi = norm( …

8 performance  fortran  blas 

Suponga que resuelve un sistema lineal mediante un método iterativo, por ejemplo, gradientes conjugados o iteración de Richardson. Luego intenta resolver un sistema lineal que está ligeramente perturbado en la matriz y el lado derecho, por ejemplo, ˜ A ˜ u = ˜ f .Au=fAu=fAu = fA~u~=f~A~u~=f~\tilde A \tilde u …

8 linear-algebra  finite-element  linear-solver 

Estoy buscando una biblioteca C ++ conveniente y gratuita para gráficos que incluya un solucionador para el problema de subgrafo común máximo (MCS). Soy consciente de Boost Graph Library y LEMON , pero ninguno incluye un solucionador MCS.

8 libraries  c++  graph-theory 

Estaba tratando de ejecutar casos de prueba para CG y necesito generar: matrices definidas positivas simétricas de tamaño> 10,000 DENSIDAD COMPLETA Usando solo índices de matriz y, si es necesario, 1 vector (como )A ( i , j )= x ( i ) - x ( j )( i + …

8 linear-algebra 

¿Cuáles son algunos buenos recursos (libros, artículos, sitios) sobre la intersección de polígonos y los algoritmos de unión?

8 computational-geometry  reference-request 

¿Cuál es una buena forma común de expresar diccionarios (= mapas) en pseudocódigo? Es decir, las estructuras de datos que básicamente permiten almacenar valores para las claves, iterar sobre todos los pares clave / valor, probar la inclusión de una clave determinada, etc. Tengo algo como lo siguiente (en este …

8 algorithms  publications 

Estoy jugando con implementaciones simples de algoritmos para encontrar la cobertura mínima de vértice / coincidencia de cardinalidad máxima en gráficos bipartitos. Sin embargo, parece que tengo problemas para buscar en Google algunos conjuntos de datos de prueba que podría usar para verificar, si acerté. Es fácil idear ejemplos simples …

8 data-sets  graph-theory 

Este problema surge de un proyecto de modelado estadístico bayesiano. Para poder calcular con mi modelo, necesito realizar una integración en la que parte del integrando sea la distribución "Pólya" o "Dirichlet-Multinomial", p(n∣α)=(N!)Γ(Kα)Γ(α)KΓ(N+Kα)∏i=1KΓ(ni+α)ni!p(n∣α)=(N!)Γ(Kα)Γ(α)KΓ(N+Kα)∏i=1KΓ(ni+α)ni!p(n\mid \alpha) = \frac{(N!) \Gamma(K\alpha)}{\Gamma(\alpha)^K \Gamma ( N + K\alpha)} \prod_{i=1}^K \frac{\Gamma(n_i + \alpha)}{ n_i!} donde y son …

8 quadrature 

Normalmente cuando siembro un generador secuencial de números aleatorios en C, uso la llamada srand(time(NULL)) luego usa rand() mod N para obtener un entero aleatorio entre 0 y N-1. Sin embargo, cuando hago esto en paralelo, las llamadas al tiempo (NULL) están tan cerca una de la otra que terminan …

8 parallel-computing  random-number-generation 

He creado una spline para ajustar mis datos en python usando: spline=scipy.interpolate.UnivariateSpline(energy, fpp, k=4) La ecuación que quiero usar implica una suma entre n = 2 yn = infinito, donde n es el orden del diferencial en un punto Eo. Sin embargo, usando; UnivariateSpline.__call__(spline, e0, nu=n) para invocar el valor, …

8 python  interpolation