Ciencia computacional

En la simulación de semiconductores, es común que las ecuaciones se escalen para que tengan valores normalizados. Por ejemplo, en casos extremos, la densidad de electrones en semiconductores puede variar en más de 18 órdenes de magnitud, y el campo eléctrico puede cambiar de forma, en más de 6 (o …

15 pde  condition-number  scaling 

Estoy desarrollando un código más grande para realizar cálculos de valores propios de enormes matrices dispersas, en el contexto de la física computacional. Pruebo mis rutinas contra el oscilador armónico simple en una dimensión, ya que los valores propios son bien conocidos analíticamente. Al hacerlo y al comparar mis propias …

15 python  sparse-matrix  numpy  eigenvalues 

A veces, mientras se optimiza el código, es necesario cronometrar ciertas partes del código, he estado usando lo siguiente durante años, pero me preguntaba si hay una manera más simple / mejor de hacerlo. call system_clock(count_rate=clock_rate) !Find the time rate call system_clock(count=clock_start) !Start Timer call do_something_subroutine !This is what gets …

15 optimization  fortran  profiling 

He escuchado anecdóticamente que cuando uno está tratando de hacer numéricamente una integral de la forma ∫∞0f(x)J0(x)dx∫0∞f(x)J0(x)dx\int_0^\infty f(x) J_0(x)\,\mathrm{d}x con suave y de buen comportamiento (p. ej., no muy oscilatorio, no singular, etc.), entonces ayudará a la precisión reescribirlo comof(x)f(x)f(x) 1π∫π0∫∞0f(x)cos(xsinθ)dxdθ1π∫0π∫0∞f(x)cos⁡(xsin⁡θ)dxdθ\frac{1}{\pi}\int_0^\pi \int_0^\infty f(x) \cos(x\sin\theta) \,\mathrm{d}x\,\mathrm{d}\theta y realice la integral interna …

15 quadrature  special-functions 

Tengo un conjunto de datos x1,x2,…,xkx1,x2,…,xkx_{1}, x_{2}, \ldots, x_{k} y quiero encontrar el parámetro mmm manera que minimice la suma ∑i=1k∣∣m−xi∣∣.∑i=1k|m−xi|.\sum_{i=1}^{k}\big|m-x_i\big|. es decir minm∑i=1k∣∣m−xi∣∣.minm∑i=1k|m−xi|.\min_{m}\sum_{i=1}^{k}\big|m-x_i\big|.

15 optimization  convex-optimization 

¿Qué es exactamente la corrección de contrapeso? ¿Puedes explicar cuándo es necesario y por qué?

15 computational-chemistry  basis-set 

He estado usando HDF5 durante años, pero a medida que aumenta el tamaño del conjunto de datos, estoy empezando a experimentar los mismos problemas enumerados aquí. http://cyrille.rossant.net/moving-away-hdf5/ ¿Me puede indicar un formato como HDF5 con - Buen soporte para escrituras paralelas - Soporte para acceso fragmentado de matrices enormes Mi …

15 data-storage 

Me gustaría desarrollar sistemas de resolución de EDO en GPU, en un entorno 'trivialmente paralelo'. Por ejemplo, haciendo un análisis de sensibilidad con 512 conjuntos de parámetros diferentes. Idealmente, quiero resolver ODE con un solucionador de paso de tiempo inteligente y adaptable como CVODE, en lugar de un paso de …

15 ode  gpu 

Estoy paralelizando el código para resolver numéricamente un modelo de equilibrio de población de 5 dimensiones. Actualmente tengo un muy buen código paralelo MPICH2 en FORTRAN, pero a medida que aumentamos los valores de los parámetros, las matrices se vuelven demasiado grandes para ejecutarse en modo de memoria distribuida. Tengo …

14 parallel-computing  fortran  numerics  mpi  compiling 

Estoy haciendo algunas simulaciones de la ecuación de Langevin, para varias fuerzas externas. Se le dijo que el C es rand()de stdlib.hpuede introducir un sesgo en los resultados de mi, estoy usando un Mersenne Twister. Sin embargo, me gustaría saber (y ver) exactamente qué tipo de errores puede introducir un …

14 computational-physics 

Estoy resolviendo un sistema de dos PDE acopladas en dos dimensiones espaciales y en el tiempo computacionalmente. Como las evaluaciones de funciones son caras, me gustaría utilizar un método de varios pasos (inicializado con Runge-Kutta 4-5). El método Adams-Bashforth que utiliza cinco evaluaciones de funciones anteriores tiene un error global …

14 pde  algorithms  finite-element  error-estimation 

Actualmente estoy escribiendo mi tesis doctoral. Pasé una fracción significativa de mi doctorado limpiando y extendiendo el código científico existente, aplicando las mejores prácticas de ingeniería de software que no se usaban anteriormente, y me gustaría escribir sobre esto en mi tesis. En lugar de simplemente decir "Agregué pruebas unitarias", …

14 reference-request 

Estoy comparando dos métodos iterativos para invertir matrices cuadradas aleatorias. Dado que las matrices son aleatorias, cada caso de prueba toma diferentes cantidades de iteraciones y diferentes tiempos transcurridos. Mi pregunta es, además del tiempo medio de CPU, el valor medio de las iteraciones tomadas por los dos métodos, información …

14 performance  benchmarking 

¿Alguien ha usado computación científica de doble precisión con GPU de nueva generación (por ejemplo, K20) a través de Python? Sé que esta tecnología está evolucionando rápidamente, pero ¿cuál es la mejor manera de hacer esto actualmente? GPU está fuera del alcance de las bibliotecas científicas populares de Python numpy …

14 python  gpu  precision 

Acabo de empezar a jugar con FEniCS. Estoy resolviendo Poisson con elementos de tercer orden y me gustaría visualizar los resultados. Sin embargo, cuando uso plot (u), la visualización es solo una interpolación lineal de los resultados. Me sale lo mismo cuando salgo a VTK. En otro código con el …

14 finite-element  fenics