Preguntas etiquetadas con lme4-nlme

Estoy revisando un documento sobre polinización, donde los datos se distribuyen binomialmente (la fruta madura o no). Así que usé glmercon un efecto aleatorio (planta individual) y un efecto fijo (tratamiento). Un revisor quiere saber si la planta tuvo un efecto en el conjunto de frutos, pero tengo problemas para …

13 r  generalized-linear-model  variance  lme4-nlme  ecology 

He estado leyendo sobre el cálculo valores de en modelos mixtos y después de leer las preguntas frecuentes de R-sig, otras publicaciones en este foro (vincularía algunas pero no tengo suficiente reputación) y varias otras referencias entiendo que usando valores en el contexto de modelos mixtos son complicados.R 2R2R2R^2R2R2R^2 Sin …

13 r  mixed-model  r-squared  lme4-nlme 

Me gustaría obtener intervalos de confianza del 95% en las predicciones de un nlmemodelo mixto no lineal . Como no se proporciona nada estándar para hacer esto dentro nlme, me preguntaba si es correcto usar el método de "intervalos de predicción de población", como se describe en el capítulo del …

12 r  mixed-model  confidence-interval  lme4-nlme 

TL; DR: la lme4optimización parece ser lineal en la cantidad de parámetros del modelo por defecto, y es mucho más lenta que un glmmodelo equivalente con variables ficticias para grupos. ¿Hay algo que pueda hacer para acelerarlo? Estoy tratando de ajustar un modelo logit jerárquico bastante grande (~ 50k filas, …

12 r  mixed-model  optimization  lme4-nlme  numerics 

Soy un usuario más familiarizado con R, y he estado tratando de estimar pendientes aleatorias (coeficientes de selección) para aproximadamente 35 individuos durante 5 años para cuatro variables de hábitat. La variable de respuesta es si una ubicación fue "utilizada" (1) o "disponible" (0) hábitat ("uso" a continuación). Estoy usando …

12 r  binomial  sas  random-effects-model  lme4-nlme 

Mis datos se describen aquí. ¿Qué puede causar un "error () es un error singular" en aov cuando se ajusta un ANOVA de medidas repetidas? Estoy tratando de ver el efecto de una interacción usando, lmerasí que mi caso base es: my_null.model <- lmer(value ~ Condition+Scenario+ (1|Player)+(1|Trial), data = my, …

12 r  lme4-nlme 

Tengo un conjunto de datos muy pequeño sobre la abundancia de abejas solitarias que estoy teniendo problemas para analizar. Son datos de recuento, y casi todos los recuentos están en un tratamiento con la mayoría de los ceros en el otro tratamiento. También hay un par de valores muy altos …

12 count-data  negative-binomial  mixed-model  zero-inflation  lme4-nlme 

Tenía la impresión de que la función lmer()en el lme4paquete no producía valores p (ver lmer, valores p y todo eso ). He estado usando los valores generados MCMC p lugar como por esta pregunta: Efecto significativo en el lme4modelo mixto y esta pregunta: Si no encuentra los valores de …

12 r  mixed-model  p-value  mcmc  lme4-nlme 

Tengo un conjunto de datos de series temporales en el que estoy tratando de ajustar un Modelo de Markov Oculto (HMM) para estimar el número de estados latentes en los datos. Mi pseudo código para hacer esto es el siguiente: for( i in 2 : max_number_of_states ){ ... calculate HMM …

12 r  aic  hidden-markov-model  bic  spss  manova  time-series  r  lme4-nlme  regression  modeling  negative-binomial  bayesian  bugs  state-space-models  hypothesis-testing  data-transformation  factor-analysis  sem 

Estoy ajustando un modelo de efectos aleatorios con glmeralgunos datos comerciales. El objetivo es analizar el desempeño de ventas por distribuidor, teniendo en cuenta la variación regional. Tengo las siguientes variables: distcode: ID de distribuidor, con aproximadamente 800 niveles region: ID geográfica de nivel superior (norte, sur, este, oeste) zone: …

12 r  regression  mixed-model  lme4-nlme 

Tengo el siguiente modelo: > model1<-lmer(aph.remain~sMFS1+sAG1+sSHDI1+sbare+season+crop +(1|landscape),family=poisson) ... y este es el resultado resumido. > summary(model1) Generalized linear mixed model fit by the Laplace approximation Formula: aph.remain ~ sMFS1 + sAG1 + sSHDI1 + sbare + season + crop + (1 | landscape) AIC BIC logLik deviance 4057 4088 -2019 …

12 r  poisson-distribution  lme4-nlme  glmm  overdispersion 

Estoy tratando de analizar datos de medidas repetidas y estoy luchando para que funcione R. Mis datos son esencialmente los siguientes, tengo dos grupos de tratamiento. Todos los sujetos de cada grupo se evalúan todos los días y se les asigna una puntuación (el porcentaje correcto en una prueba). Los …

12 r  mixed-model  repeated-measures  lme4-nlme 

He ajustado un modelo de lmer con lo siguiente (aunque con salida impresa): Random effects: Groups Name Std.Dev. day:sample (Intercept) 0.09 sample (Intercept) 0.42 Residual 0.023 Realmente me gustaría construir un intervalo de confianza para cada efecto usando la siguiente fórmula: (n−1)s2χ2α/2,n−1,(n−1)s2χ21−α/2,n−1(n−1)s2χα/2,n−12,(n−1)s2χ1−α/2,n−12 \frac{(n-1)s^2}{\chi^2_{\alpha/2, n-1}},\frac{(n-1)s^2}{\chi^2_{1-\alpha/2,n-1}} ¿Hay alguna manera de obtener convenientemente …

11 lme4-nlme  mixed-model 

Estoy ejecutando un glmm con una variable de respuesta binomial y un predictor categórico. El efecto aleatorio viene dado por el diseño anidado utilizado para la recopilación de datos. Los datos se ven así: m.gen1$treatment [1] sucrose control protein control no_injection ..... Levels: no_injection control sucrose protein m.gen1$emergence [1] 1 …

11 r  generalized-linear-model  lme4-nlme  separation 

Mi pregunta se basa en esta respuesta que mostró qué lme4::lmermodelo corresponde a un ANOVA de medidas repetidas bidireccionales: require(lme4) set.seed(1234) d <- data.frame( y = rnorm(96), subject = factor(rep(1:12, 4)), a = factor(rep(1:2, each=24)), b = factor(rep(rep(1:2, each=12))), c = factor(rep(rep(1:2, each=48)))) # standard two-way repeated measures ANOVA: summary(aov(y~a*b+Error(subject/(a*b)), …

11 r  anova  mixed-model  repeated-measures  lme4-nlme