Preguntas etiquetadas con parallel-computing

Estoy considerando aprender un nuevo lenguaje para usar en proyectos de modelado numérico / simulación, como un reemplazo (parcial) para C ++ y Python que uso actualmente. Me encontré con Julia , que suena un poco perfecta. Si hace todo lo que dice, podría usarlo para reemplazar C ++ y …

55 parallel-computing  languages  julia 

Actualmente estoy buscando métodos paralelos para la integración de ODE. Existe una gran cantidad de literatura nueva y antigua que describe una amplia gama de enfoques, pero no he encontrado encuestas recientes ni artículos de descripción general que describan el tema en general. Existe el libro de Burrage [1], pero …

39 parallel-computing  ode  numerical-analysis 

Estoy buscando información de cualquiera que haya intentado usar OpenCL en su código científico. ¿Alguien ha intentado (recientemente) ViennaCL ? Si es así, ¿cómo se compara con la cúspide ? ¿Qué pasa con OCLTools ? ¿Cumple con la promesa? Si es así, ¿sería una forma factible de comenzar a escribir …

35 parallel-computing  libraries  programming-paradigms  viennacl  opencl 

¿Hay alguna herramienta en Python que sea como el parfor de Matlab? Encontré este hilo , pero tiene cuatro años. Pensé que tal vez alguien aquí podría tener una experiencia más reciente. Aquí hay un ejemplo del tipo de cosas que me gustaría paralelizar: X = np.random.normal(size=(10, 3)) F = …

35 python  parallel-computing 

Esta pregunta se migró de Stack Overflow porque se puede responder en Computational Science Stack Exchange. Migrado hace 7 años . ¿Existen problemas / algoritmos famosos en la informática científica que no puedan acelerarse mediante paralelización? Al leer libros sobre CUDA me parece que la mayoría de las cosas pueden …

27 parallel-computing 

¿Cómo se puede resolver numéricamente el problema del cuerpo n gravitatorio en paralelo? ¿Es posible el equilibrio precisión-complejidad? ¿Cómo influye la precisión en la calidad del modelo?

25 algorithms  ode  parallel-computing  complexity  precision 

No estoy ejecutando ningún código paralelo en este momento, pero preveo ejecutar código paralelo en el futuro usando un híbrido de OpenMP y MPI. Los depuradores han sido herramientas invaluables para mí al ejecutar proyectos en serie. ¿Alguien puede recomendar un depurador paralelo (o múltiples depuradores) para usar para depurar …

24 software  parallel-computing 

Tengo una aplicación que puede ser paralelamente trivial, pero su rendimiento está en gran medida vinculado a E / S. La aplicación lee una matriz de entrada única almacenada en un archivo que normalmente tiene un tamaño de 2-5 GB (pero espero que este número crezca en el futuro). Un …

20 io  parallel-computing  mpi 

¿Quieres mejorar esta publicación? Proporcione respuestas detalladas a esta pregunta, incluidas citas y una explicación de por qué su respuesta es correcta. Las respuestas sin suficiente detalle pueden ser editadas o eliminadas. Refinamiento de malla adaptable (AMR) es una técnica común para tratar el problema de escalas espaciales muy variadas …

18 pde  libraries  parallel-computing  adaptive-mesh-refinement 

Gran parte de mi propio trabajo gira en torno a mejorar la escala de los algoritmos, y una de las formas preferidas de mostrar la escala paralela y / o la eficiencia paralela es trazar el rendimiento de un algoritmo / código sobre el número de núcleos, por ejemplo donde …

17 parallel-computing  hpc  scaling  plotting 

Una reducción en paralelo supone que la operación correspondiente es asociativa. Esta suposición se viola para la adición de números de punto flotante. Puedes preguntar por qué me importa esto. Bueno, hace que los resultados sean menos reproducibles. Y empeora cuando el recocido simulado se usa para optimizar (o ajustar …

17 parallel-computing  reproducibility 

Mi tesis es sobre el desarrollo de métodos numéricos para la reducción del modelo en la combustión. Ejecuto mis métodos únicamente en la parte química de las simulaciones de combustión, y tengo muchos estudios de casos para simulaciones 0-D (sin flujo). Lo que me gustaría es ejecutar simulaciones que tengan …

17 pde  fluid-dynamics  software  parallel-computing 

Estoy optimizando una función de 10-20 variables. La mala noticia es que cada evaluación de la función es costosa, aproximadamente 30 minutos de cálculo en serie. La buena noticia es que tengo un clúster con unas pocas docenas de nodos computacionales a mi disposición. Por lo tanto, la pregunta: ¿hay …

15 optimization  parallel-computing 

Estoy ejecutando simulaciones de dinámica molecular (MD) usando varios paquetes de software, como Gromacs y DL_POLY. Gromacs ahora admite los algoritmos de descomposición de partículas y de descomposición de dominio. Por defecto, las simulaciones de Gromacs utilizan la descomposición de dominio, aunque durante muchos años, hasta hace poco, la descomposición …

15 parallel-computing  efficiency  molecular-dynamics  simulation 

Perdón por la larga publicación, pero quería incluir todo lo que pensé que era relevante al principio. Lo que quiero Estoy implementando una versión paralela de los métodos de Krylov subespacio para matrices densas. Principalmente GMRES, QMR y CG. Me di cuenta (después del perfil) que mi rutina DGEMV era …

15 parallel-computing  matrix  lapack  blas