Esa escorrentía que estás viendo probablemente no sea agua, sino separación de grasa. Toque o pruebe un poco del líquido; si parece aceitoso, entonces es gordo.
Al hacer boloñesa, si no desea que esto suceda, debe eliminar con frecuencia la grasa que sube a la parte superior. Si solo lo revuelve, se separará nuevamente más tarde.
También debe cocinarlo lentamente (descremado a menudo) durante unas 4 horas más o menos.
Debo señalar que la grasa no es necesariamente mala y algunos cocineros insisten en que nunca debes descremada, porque ahí es donde está el sabor. Personalmente, nunca he encontrado mucha diferencia en el sabor, ya sea que desnates o no, pero si no lo haces, el contenido de grasa hace que la mezcla se separe más tarde.
Lo mismo sucede con el chile, o cualquier plato en el que esté usando un plato molido al que no se le haya eliminado toda la grasa mediante un dorado profundo. Eventualmente, durante la cocción, esa grasa dejará la carne, y tendrás que quitarla, cocinarla o lidiar con la grasa.