Esta no es una pregunta fácil de responder (al menos para mí), pero supongo que la gran mayoría de las personas siguen la configuración predeterminada del programa que están utilizando (independientemente de si este es el enfoque correcto o no). Y estoy bastante seguro de que aquellos que saben qué tipo de sumas de cuadrados usar (y se desvían de la configuración predeterminada), se asegurarán de mencionar esto en los métodos.
Personalmente, me parece más preocupante que muchos documentos no mencionen con suficiente cuidado qué programa / paquete / funciones se usaron para ejecutar los análisis. Saber esto puede ayudar a reducir qué configuraciones se utilizaron.
No tengo un documento a mano en este momento que informe el tipo de sumas de cuadrados que se utilizaron para ejecutar los análisis, pero si encuentro uno, lo agregaré a mi respuesta.
EDITAR:
Buscar en Google Scholar usando una palabra clave del campo que le interesa con la adición de "sumas de cuadrados" lo llevará a los documentos que está solicitando. Por ejemplo, en mi caso busqué sumas de cuadrados de agua de xilema , lo que resultó en este documento http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1046/j.1469-8137.2003.00816.x/full (ver las notas al pie de la Tabla 1 y 2 )