No estoy totalmente seguro de lo que describe el modelo real "ANOVA de medidas repetidas", pero creo que una cuestión general es si se deben colocar efectos aleatorios de cualquier tipo en un modelo en lugar de, por ejemplo, simplemente ajustar las estimaciones de varianza para cubrir las dependencias inducidas (como en el Los errores estándar corregidos por el panel frente a los modelos multinivel se debaten en análisis de datos transversales de series de tiempo). Así que primero intentaré con esa pregunta, luego abordaré la tuya.
Efectos fijos y aleatorios
Dos principios complementarios sobre cuándo usar un efecto aleatorio en lugar de fijo son los siguientes:
- Representar una cosa (sujeto, tipo de estímulo, etc.) con un efecto aleatorio cuando esté interesado en usar el modelo para generalizar a otras instancias de esa cosa no incluidas en el análisis actual, por ejemplo, otro sujeto u otro tipo de estímulo. Si no, usa un efecto fijo.
- Representa una cosa con un efecto aleatorio cuando crees que para cualquier instancia de la cosa, otras instancias en el conjunto de datos son potencialmente informativas al respecto. Si no espera tal información, utilice un efecto fijo.
Ambas motivan explícitamente, incluidos los efectos aleatorios de los sujetos: generalmente están interesados en las poblaciones humanas en general y los elementos del conjunto de respuestas de cada sujeto están correlacionados, son predecibles entre sí y, por lo tanto, son informativos el uno del otro. Está menos claro para cosas como los estímulos. Si solo habrá tres tipos de estímulos, 1. motivará un efecto fijo y 2. hará que la decisión dependa de la naturaleza de los estímulos.
Tus preguntas
Una razón para usar un modelo mixto sobre un ANOVA de efectos repetidos es que los primeros son considerablemente más generales, por ejemplo, funcionan igualmente fácilmente con diseños balanceados y no balanceados y se extienden fácilmente a modelos multinivel. En mi lectura (ciertamente limitada) sobre ANOVA clásico y sus extensiones, los modelos mixtos parecen cubrir todos los casos especiales que hacen las extensiones de ANOVA. Así que en realidad no puedo pensar en una razón estadística para preferir medidas repetidas ANOVA. Otros pueden ayudar aquí. (Una razón sociológica familiar es que su campo prefiere leer sobre los métodos que sus miembros mayores aprendieron en la escuela de posgrado, y una razón práctica es que podría tomar un poco más de tiempo aprender a usar modelos mixtos que una extensión menor de ANOVA).
Nota
Una advertencia para el uso de efectos aleatorios, más relevante para datos no experimentales, es que para mantener la coherencia debe suponer que los efectos aleatorios no están correlacionados con los efectos fijos del modelo, o agregar medios de efectos fijos como covariables para el efecto aleatorio (discutido por ejemplo, en el artículo de Bafumi y Gelman).