Preguntas etiquetadas con computational-biology

Mi experiencia es en genómica, pero recientemente he estado trabajando con problemas relacionados con la estructura de la proteína. Escribí algunos programas relevantes en C, construyendo mi propio analizador de archivos PDB desde cero en el proceso. No me preocupé por hacer un analizador realmente robusto, solo sabía que construir …

17 computational-biology  pdb  c 

Trabajo bastante en biología matemática / epidemiología, donde la mayor parte del trabajo de modelado / ciencia computacional todavía está dominado por conjuntos de EDO, es cierto que a veces son conjuntos bastante elaborados de ellos. Una de las ventajas de estos modelos es que son bastante fáciles de describir …

14 ode  computational-biology 

He estado tratando de hacer un modelo espacial 2D biológicamente preciso de capas de tejido, donde ocurren diferentes procesos fisiológicos. Esto incluye principalmente reacciones químicas, difusión y flujos sobre los límites. Estoy haciendo este modelo en COMSOL Multiphysics, un paquete de software de elementos finitos que resuelve diferentes físicas como …

10 finite-element  comsol  computational-biology 

Tengo un sistema de ecuaciones diferenciales ordinarias: 7 ecuaciones y ~ 30 parámetros que gobiernan su comportamiento como parte de un modelo matemático de transmisión de enfermedades. Me gusta encontrar los estados estacionarios de esas ecuaciones Cambiar dx/dt = rest of the equationa 0 = equationpara cada una de las …

9 ode  symbolic-computation  computational-biology 

Me gustaría probar la influencia de los parámetros de solvatación en los modelos de solvatación implícitos y preguntarme qué códigos están disponibles gratuitamente como programas independientes para el plegamiento de proteínas de proteínas pequeñas, y cuáles usan enfoques de minimización de energía en lugar de dinámica, por lo que no …

8 computational-chemistry  computational-biology