Dado que está funcionando directamente con una batería, diría que es seguro agregar la mayor cantidad de desacoplamiento (en otras palabras, limita la potencia de entrada) como sea posible, ya que el único inconveniente real (que creo que es relevante para su configuración) es agregar mucha capacitancia aumenta la corriente de entrada (ya que el capacitor actúa naturalmente como un cortocircuito durante la carga).
Sin embargo, en ciertas circunstancias se debe evitar el alto consumo de corriente asociado con el desacoplamiento excesivo durante el arranque inicial. Un ejemplo es cuando usa un convertidor de conmutación para subir / bajar el voltaje. Si el convertidor ha incorporado protección contra sobrecorriente (y no tiene función de arranque lento), el cortocircuito causado por las tapas no cargadas hará que el convertidor se tambalee (arranque, sobrecorriente y arranque nuevamente) y nunca alcance completamente su objetivo voltaje. Sin embargo, dado que está funcionando directamente desde una batería, esto no debería ser un problema, ya que una batería puede funcionar muy por encima de su capacidad de corriente nominal (por períodos cortos).
Otra cosa para recordar también es que, dado que existe un gran depósito de energía a través de los rieles de alimentación (los condensadores), el sistema puede tardar un tiempo en descargarse (después de apagarse). En otras palabras, su Pi probablemente funcionará durante otros 30 segundos (dependiendo de la capacidad que agregue) más o menos después de desconectar la batería principal.
Finalmente, siempre intente agregar condensadores con una capacidad nominal de al menos el doble de su voltaje de funcionamiento (por ejemplo, si tiene baterías de 6V, intente obtener tapas de 16V). Los motores que invierten su dirección muy rápidamente pueden inducir picos de voltaje suficientemente grandes en su sistema y hacer que exploten sus tapas (es de esperar que su controlador de motor tenga suficientes diodos de sujeción).
Yo diría que una sola tapa electrolítica de 1000 uF sería un desacoplamiento más que suficiente. Si su Pi continúa disminuyendo, supongo que la causa más apropiada sería que sus baterías no puedan suministrar la corriente requerida. Recuerde, la razón por la que Pi se reinicia (o se desvanece) se debe a la caída del voltaje de suministro porque las baterías no pueden suministrar la corriente que requieren los motores. Agregar condensadores ayudará con las sobretensiones en las corrientes (como la aceleración de motores), pero obviamente no resolverá el consumo de alta corriente a largo plazo.