Sí, diferentes plataformas ejecutan diferentes tiempos de ejecución .net.
La forma en que esto funciona en xna 3 / 3.1 / 4 es que crea su proyecto de juego para una sola plataforma (por ejemplo, cree un nuevo proyecto de juego de Windows Xna en Visual Studio). En el 'explorador de soluciones' de Visual Studios, haga clic con el botón derecho en el proyecto y luego elija 'crear copia del proyecto para X', donde x es la plataforma a la que desea que se dirija el nuevo proyecto. Eso es casi todo lo que hay que hacer.
Estos dos proyectos se mantienen sincronizados, cualquier cosa que agregue a uno aparecerá en el otro. Use los bloques #if WINDOWS o #if XBOX o #if WINDOWS_PHONE para agregar código que sea específico para una sola plataforma.