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Es simplemente que el microondas calienta principalmente las moléculas de agua, haciendo que el pan se vaporice. Un horno normal calienta todas las moléculas del pan, y para cuando el agua esté muy humeante, lo habrá sacado del horno.
No estoy completamente seguro de esto, pero mi teoría se basa en la forma en que las microondas interactúan con el agua. Las microondas resuenan con la frecuencia de rotación del dipolo del agua, y funcionan utilizando frecuencias que no son muy resonantes, de modo que en lugar de causar rotaciones, parte de la energía se pierde por fricción, lo que aumenta las frecuencias vibratorias del agua, lo cual es sinónimo de decir que agrega calor, pero también aumenta la frecuencia de rotación del agua. Cuando toda la molécula de agua se ve obligada a rotar, es probable que muchos de los enlaces de hidrógeno críticos que le dan al pan su estructura se rompan, lo que resulta en un colapso del pan y se forman más enlaces de hidrógeno diferentes que son más estables y, por lo tanto, más gomosos.