Actualización 2018-05-25: desde que escribí esta respuesta inicialmente en 2015, exFAT ha seguido creciendo en popularidad, en gran parte debido a la creciente popularidad de SDXC y la necesidad de un sistema de archivos multiplataforma moderno. Al menos dos versiones de Ubuntu, Kylin (escritorio) y MATE (núcleo + escritorio), incluyen soporte exFAT de forma predeterminada a partir de 18.04. Todavía está gravado por patentes, pero, de nuevo, también lo está el resto de la familia FAT . Algunas personas piensan que pueden evitar estas patentes ; otros han intentado desafiarlos , con poco éxito .
La serie de sistemas de archivos FAT tiende a ser la más ampliamente admitida en los sistemas operativos modernos. Es un sistema de archivos muy simple, y una implementación básica se puede escribir rápidamente para cualquier plataforma. FAT16 es probablemente la variedad más ampliamente compatible, seguida de cerca por FAT32 . Para una unidad de 64 GB, FAT32 sería ideal. Como otros han mencionado, el problema es que necesitaría usar una utilidad de terceros para formatear la partición si está usando Windows porque la utilidad integrada de Windows no puede crear particiones FAT32 de más de 32 GB. Además, FAT32 no puede almacenar archivos de más de 4 GiB, ya que el tamaño de cada archivo se almacena como un entero sin signo de 32 bits.FAT32 es probablemente su mejor opción si puede tolerar la molestia inicial de formatear la unidad y el límite de tamaño de archivo.
exFAT está comenzando a ver un uso más extendido, particularmente en plataformas móviles, ya que es un formato estándar para tarjetas SD grandes (SDXC). Es probable que encuentre soporte nativo para exFAT en cualquier dispositivo con un lector de tarjetas SDXC. Como habrá notado, algunas plataformas, o versiones / distribuciones específicas de plataformas, no envían los controladores por defecto, generalmente porque la distribución elige evitar el software "no libre". Toda la familia FAT está gravada con patentes , pero exFAT tiene las patentes más recientes del grupo (por ejemplo, US8321439 y US8583708 ), la mayoría de las cuales no caducarán por mucho tiempo. Mi recomendación sería usar exFAT si FAT32 es demasiado restrictivo, especialmente si a menudo usará la unidad en Windows.Sí, es posible que necesite instalar controladores en algunos sistemas Linux, pero son controladores útiles que probablemente deberían instalarse de todos modos, y es poco probable que los problemas de patentes sean un problema para usuarios individuales.
Formatear el disco como UDF superaría algunas de las limitaciones de FAT32. Sin embargo, es probable que algunas plataformas presenten el dispositivo al usuario como una unidad óptica, lo que podría ser engorroso. Probablemente también necesite una utilidad de terceros para formatear la unidad en Windows o Mac. Si sigue esta ruta, asegúrese de usar UDF simple, en lugar de IVA o ahorrado. Las últimas dos compilaciones son para ciertos tipos de medios ópticos y no funcionarán como se espera en una unidad flash. Supuestamente, UDF no admite archivos de más de 1 GB en Linux debido a una solución perezosa para una vulnerabilidad de seguridad (CVE-2006-4145). No he verificado esto. También hay alguna evidencia que indica que Windows puede negarse directamente a manejar medios no ópticos formateados como UDF, pero tampoco lo he probado.