Respuestas:
Tienes dos opciones:
cd /root/Desktop/folder
tar xf /root/Documents/file.tar.gz
o
tar xf file.tar.gz -C /root/Desktop/folder
-C
significa
man tar
-C, --directorio cambio de DIR al directorio DIR
tar -xvjf foo.tar.bz2
para aquellos que buscan bz2 como yo
gzip -dc archive.tar.gz | tar -xf - -C /destination
?