Estoy tratando de analizar algunos datos usando un modelo de efectos mixtos. Los datos que recopilé representan el peso de algunos animales jóvenes de diferentes genotipos a lo largo del tiempo.
Estoy usando el enfoque propuesto aquí: https://gribblelab.wordpress.com/2009/03/09/repeated-measures-anova-using-r/
En particular estoy usando la solución # 2
Entonces tengo algo como
require(nlme)
model <- lme(weight ~ time * Genotype, random = ~1|Animal/time,
data=weights)
av <- anova(model)
Ahora, me gustaría tener algunas comparaciones múltiples. Usando multcomp
puedo hacer:
require(multcomp)
comp.geno <- glht(model, linfct=mcp(Genotype="Tukey"))
print(summary(comp.geno))
Y, por supuesto, podría hacer lo mismo con el tiempo.
Tengo dos preguntas:
- ¿Cómo uso
mcp
para ver la interacción entre el tiempo y el genotipo? Cuando corro
glht
me sale esta advertencia:covariate interactions found -- default contrast might be inappropriate
Qué significa eso? ¿Puedo ignorarlo con seguridad? ¿O qué debo hacer para evitarlo?
EDITAR: Encontré este PDF que dice:
Debido a que es imposible determinar los parámetros de interés automáticamente en este caso, mcp () en multcomp generará por defecto comparaciones solo para los efectos principales, ignorando las covariables y las interacciones . Desde la versión 1.1-2, se puede especificar promediar los términos de interacción y las covariables usando los argumentos interaccion_average = TRUE y covariate_average = TRUE respectivamente, mientras que las versiones anteriores a 1.0-0 promediaron automáticamente sobre los términos de interacción. Sin embargo, sugerimos a los usuarios que escriban, manualmente, el conjunto de contrastes que desean.Se debe hacer esto siempre que haya dudas acerca de lo que miden los contrastes predeterminados, lo que generalmente ocurre en modelos con términos de interacción de orden superior. Nos referimos a Hsu (1996), Capítulo ~ 7, y Searle (1971), Capítulo ~ 7.3, para más discusiones y ejemplos sobre este tema.
No tengo acceso a esos libros, pero ¿tal vez alguien aquí tiene?