Modelo de efectos mixtos binomiales negativos inflados a cero en R


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¿Existe tal paquete que proporcione la estimación del modelo de efectos mixtos binomiales negativos inflados a cero en R?

Con eso quiero decir:

  • Inflación cero donde puede especificar el modelo binomial para inflación cero, como en la función zeroinfl en el paquete pscl:

    zeroinfl (y ~ X | Z, dist = "negbin")
    donde Z es la fórmula para el modelo de inflación cero;

  • Distribución binomial negativa para la parte de conteo del modelo;

  • Efectos aleatorios especificados similares a la función lmer del paquete lme4.

Entiendo que glmmADMB puede hacer todo eso, excepto que la fórmula para la inflación cero no se puede especificar (es solo una intersección, es decir, Z es solo 1). Pero, ¿hay otros paquetes que puedan hacerlo todo?

Estaré muy agradecido por tu ayuda!


Estoy buscando lo mismo. Creo que glmmADMB es lo que quiero, pero no puedo hacerlo funcionar.
gregmacfarlane

Me pregunto si los paquetes ZIM o aod pueden hacer lo que quieres o no.
Graeme Walsh

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Como actualización, el paquete glmmTMB de Ben Bolker admite un modelo mixto lineal generalizado inflado a cero (ZIGLMM).
JWilliman

Respuestas:



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El paquete pscl proporciona un modelo de Poisson inflado a cero. No creo que pueda hacer un modelo binomial negativo, pero podría ser un lugar para comenzar. El artículo de JSS vinculado también analiza los paquetes relacionados, que pueden llevarlo a lo que está buscando.


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El paquete pscl permite (ahora) modelos binomiales negativos mediante el uso dezeroinfl(..., dist = "negbin", ...)
user2390246 el

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Dependiendo de lo que intente hacer, es posible que desee ver el paquete aster . Los modelos Aster permiten el análisis conjunto de múltiples variables que tienen diferentes distribuciones de probabilidad, y recientemente se han actualizado para permitir efectos aleatorios . Fueron diseñados para el análisis del historial de vida y funcionarán en situaciones en las que puede dividir su respuesta en partes distintas con diferentes distribuciones (por ejemplo, supervivencia = Bernoulli, reproducción = Poisson). Pueden manejar la "inflación cero" modelando la mayoría de los ceros como bernoulli, y el resto de la respuesta como binomio negativo.

Encontrarás mucha documentación aquí:

http://www.stat.umn.edu/geyer/aster/

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