¿Cómo calcular las tasas de riesgo previstas a partir de un modelo Cox PH?

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Tengo el siguiente modelo de Cox PH:

(Tiempo, evento) ~ X + Y + Z

Me gustaría obtener los peligros pronosticadas tasas (estoy hablando de las tasas de riesgo NO función de riesgo) dados los valores específicos de X, Y, Z. Sé que el paquete muhaz R puede calcular las tasas de peligro observadas, pero estoy interesado en el modelo predicho.

¿Hay alguna manera de hacer esto en R?

r survival hazard cox-model

— no hay stock
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Parece que su "ecuación" modela un resultado binario. Ahora, ofertas PH modelo de Cox con los datos de supervivencia y lo que se encuentra es el lado de la izquierda debe ser una tasa de riesgo ... creo que debería aclarar ...

— ocram

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El modelo de Cox no estima la función de riesgo de referencia (generalmente indicada como

). Para estimar la tasa de incidencia de un modelo, debe usar un modelo de supervivencia paramétrico.

λ_{0} (t)

$\lambda_0(t)$

— boscovich

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Hay cierta ambigüedad en tu pregunta. La función de peligro es una probabilidad, no una tasa. ¿Es la función de peligro que quieres o algo más?

— Fomite

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La función en el paquete de supervivencia R para obtener la tasa de riesgo de referencia es basehaz.

$e^{\beta}$

Un simple ejemplo puede ayudar:

library(survival) #survival analysis
library(eha) #used for data 
data(oldmort) #create the data

# Create surv data set
mort <- Surv(time=oldmort$enter,time2=oldmort$exit,event=oldmort$event)

reg_fit <- coxph(formula=mort~oldmort$sex)
summary(reg_fit)

# Now get baseline curve
baseline <- basehaz(reg_fit)

# Draw baseline hazard (that's male)
plot(baseline$time, baseline$hazard, type='l',main="Hazard rates") 

# Draw female hazard
lines(baseline$time, exp(-0.1929)*baseline$hazard, col="blue")

$\exp(-0.1929)=0.8245$ summary(reg_fit) $18\%$

— CarrKnight
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La función basehaz(de la respuesta anterior) proporciona el peligro acumulado , no la función de peligro (la tasa). Creo que esa pregunta era sobre la función de peligro. Estimar la función de peligro requeriría la especificación del tipo de suavizado (como en la estimación de densidad). El Muhazpaquete R puede hacer esto para una muestra de datos. No conozco una función que pueda hacer esto para el peligro de referencia en el modelo de Cox. Yo también necesito esto. Creo que tendré que suavizar el riesgo acumulativo por mi cuenta.

— usuario21413
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