No está mal y será equivalente a una prueba que asume variaciones iguales. Además, con dos grupos, sqrt (f-statistic) es igual al (aboslute value of the) t-statistic. Estoy algo seguro de que una prueba t con variaciones desiguales no es equivalente. Dado que puede obtener estimaciones apropiadas cuando las variaciones son desiguales (las variaciones generalmente siempre son desiguales a algún lugar decimal), probablemente tenga sentido usar la prueba t, ya que es más flexible que un ANOVA (suponiendo que solo tenga dos grupos).
Actualizar:
Aquí hay un código para mostrar que la estadística t ^ 2 para la prueba t de varianza igual, pero no la prueba t desigual, es la misma que la estadística f.
dat_mtcars <- mtcars
# unequal variance model
t_unequal <- t.test(mpg ~ factor(vs), data = dat_mtcars)
t_stat_unequal <- t_unequal$statistic
# assume equal variance
t_equal <- t.test(mpg ~ factor(vs), var.equal = TRUE, data = dat_mtcars)
t_stat_equal <- t_equal$statistic
# anova
a_equal <- aov(mpg ~ factor(vs), data = dat_mtcars)
f_stat <- anova(a_equal)
f_stat$`F value`[1]
# compare by dividing (1 = equivalence)
(t_stat_unequal^2) / f_stat$`F value`[1]
(t_stat_equal^2) / f_stat$`F value`[1] # (t-stat with equal var^2) = F