Respondiendo con un aforismo, creo que el diseño de su estudio tendrá éxito tan pronto como realmente exista en su forma completa. El juego de revisión ya que se juega en el mundo académico es principalmente un juego de académicos que muestran entre sí que han no completado ese paso en toda su profundidad, por ejemplo, al violar las hipótesis u omitir sesgos en los que debe esperar. Si el diseño del estudio es una habilidad, es la habilidad de hacer que su investigación sea a prueba de balas para estos críticos.
Su pregunta es muy interesante, pero me temo que no hay una respuesta corta. Hasta donde sé, la única forma de aprender a fondo sobre los diseños de investigación, ya sea experimental u observacional, es leer la literatura en su campo de especialización, y luego hacer un esfuerzo adicional conectándose con académicos para aprender aún más. sobre cómo funcionan, para, eventualmente, escribir su propio diseño de investigación.
En mi campo (ciencia política europea), ofrecemos genéricamente cursos de "diseño de investigación" que abarcan todo tipo de estudios, pero aun así perdemos tendencias importantes y también carecemos de una comprensión profunda de nuestros métodos. Después de tomar al menos tres de estos cursos, me he convencido de que ningún recurso académico puede reemplazar el aprendizaje de otros académicos, antes de enfrentar directamente los entornos del mundo real.
Supongo que su campo también tiene estos 'diarios de métodos' que pueden ser tan aburridos y complejos para el extraño que ser útiles e interesantes para los 'diseñadores de estudio' reales, por lo que recomendaría que comience a cavar esta literatura primero, eventualmente rastrear los elementos bibliográficos recurrentes que podrían ayudarlo más con el diseño del estudio en biología / ecología. Google Scholar definitivamente marca algunos libros con las palabras 'métodos de investigación ecológica'.