No creo que puedas hacer fácilmente lo que quieres hacer con RM-ANOVA ya que el número de repeticiones no es el mismo para todas las asignaturas. Ejecutar modelos de efectos mixtos es muy fácil en R. De hecho, al invertir un poco de tiempo para aprender los fundamentos y los comandos, te abrirá muchas posibilidades. También encuentro que el modelado mixto es mucho más simple de usar y más flexible y casi nunca necesito hacer RM-ANOVA directamente. Finalmente, considere que con el modelado mixto también puede tener en cuenta la estructura de covarianza de los residuos (RM-ANOVA simplemente supone una estructura diagonal) que puede ser importante para muchas aplicaciones.
Hay dos paquetes principales para el modelado mixto lineal en R: nlmey lme4. El lme4paquete es el más moderno, ideal para grandes conjuntos de datos y también para los casos en los que se trata con datos agrupados. Nlmees el paquete anterior y en su mayoría está en desuso a favor de lme4. Sin embargo, para diseños de medidas repetidas aún es mejor que lme4ya que solo le nlmepermite modelar la estructura de covarianza de los residuos. La sintaxis básica de nlmees muy simple. Por ejemplo:
fit.1 <- lme(dv ~ x + t, random=~1|subject, cor=corCompSymm())
Aquí estoy modelando la relación entre una variable dependiente dvy un factor xy una covariable relacionada con el tiempo t. Subjectes un efecto aleatorio y he usado una estructura de simetría compuesta para la covarianza de los residuos. Ahora puede obtener fácilmente los valores p infames por:
anova(fit.1)
Finalmente, puedo sugerirle que lea más sobre nlme utilizando su guía de referencia definitiva, Modelos de efectos mixtos en S y S-Plus . Otra buena referencia para principiantes son los modelos lineales mixtos: una guía práctica que utiliza software estadístico que recopila muchos ejemplos de diferentes aplicaciones de modelado mixto con código en R, SAS, SPSS, etc.