Según el último comentario del OP , el traqueteo se debió a un cigüeñal roto.
Aunque agregaré una cosa. Cuando era niño, mi padre tenía un Mitsubishi Pajero '91 que repentinamente se partió en dos. Pudo conducirlo al concesionario con un ruido de traqueteo que estaba presente independientemente de la posición del embrague o las RPM.
Con respecto al caso del OP, estoy francamente sorprendido de que el ruido de traqueteo estuviera presente solo con el embrague presionado. Sin decir que no es posible, simplemente inusual que el OP fuera capaz de conducir "normalmente" de lo contrario.