La red integrada de Unity es RakNet. Hasta donde yo sé, dentro de Unity solo es realmente para juegos de igual a igual (es decir, realmente no se puede ejecutar un servidor independiente).
La mayoría de los juegos web que conozco usan Unity y el modo multijugador usa Exit Games 'Photon . Paradise Paintball lo usa. También lo hace Atmosphir. Usted escribe el código del servidor en .NET que se compila en una DLL y se ejecuta con su software de servidor. Hay una DLL de cliente que puede colocar en Unity junto con su propio código específico.
No puede distribuir el servidor ya que tiene licencia por máquina en la que se está ejecutando, pero si solo desea que los clientes puedan conectarse a sus servidores, entonces es una solución probada para eso.