Un gran inconveniente es la complejidad adicional: los motores 3D no siempre tienen el mismo nivel de soporte de primera clase para gráficos 2D que los motores 2D dedicados. Esto significa que es mucho trabajo adicional lidiar con la composición y la gestión de una escena 2D, y / o aún tiene que lidiar con la complejidad de la tubería de transformación y matemáticas 3D. Especialmente si no está completamente familiarizado con los fundamentos de la teoría de gráficos 3D, puede encontrarse perdido y confundido cuando sus imágenes no aparecen y si no tiene cuidado, puede encontrar una "solución" que haga que su las imágenes aparecen pero no son necesariamente correctas (y por lo tanto te morderán más adelante).
Pero más allá del aspecto humano, siempre que el motor 3D tenga las herramientas que necesita para construir su juego 2D, no es una mala idea usar uno. Son mucho más frecuentes en estos días y tienden a desarrollarse de manera más agresiva, por lo que es una ventaja. Además, probablemente todavía haya un puñado de motores o marcos enfocados en 2D que no estén usando D3D u OpenGL detrás de escena y, por lo tanto, es posible que no obtengan los beneficios de las GPU modernas.
En esta pregunta relacionada , puede ver mucha discusión sobre lo que podría hacer que 3D sea más difícil (solo tendrá que lidiar con un subconjunto de eso si solo usa el motor 3D para un juego 2D).