Depende del desarrollador del juego. La parte que consume tiempo es hacer activos del juego. Si cree que es más fácil para usted hacer estos activos con Illustrator y Photoshop, 2D es más fácil para usted, pero si conoce el modelado 3D, probablemente esté de acuerdo conmigo en que 3D es mucho más fácil que 2D.
En cuanto a la animación, definitivamente 3D es más fácil y más rápido y más fácil de administrar.
Por ejemplo, mientras que en 3D puede hacer todas las animaciones para un personaje en unas pocas horas en una escena, en 2d debe dibujar el personaje desde cero para cualquier actividad que se supone que debe hacer y guardar muchos archivos, lleva días en 2D vs. horas en 3D.
Además, si cambias algo, tienes que rehacerlo todo en 2D, pero no tienes que cambiar todo, por ejemplo, si decides que tu personaje no debe tener sombrero. No tiene que rehacer toda la animación, simplemente elimine el sombrero en 3D.
Si tienes personajes humanoides, hay miles de animaciones de mo-cap gratuitas. La mayoría de las veces no necesitas hacer ninguna animación para tu juego.
En cuanto a la complejidad y la programación, no hay diferencia.
Pero debes conocer bien 3D, de lo contrario, puedes terminar en el motor del juego, tu animación es diferente de tu aplicación 3D o la cabeza de tu personaje está girando en dirección inversa y no sabes cómo resolver el problema, y algunos otros problemas técnicos.
También debe estar familiarizado con el modelado de baja poli para el juego y cómo hacer texturas para el juego, es diferente del modelado y texturizado para la animación.
Por cierto, contrario a la creencia popular, el 3D requiere menos hardware para los dispositivos móviles.