En general, cuando comienza sin experiencia, debe optar por la solución existente en lugar de inventar algo nuevo.
Sin embargo , tu situación es diferente. Ni FATE ni GURPS son marcos diseñados para juegos de rol basados en navegador. Entonces la pregunta es sobre adaptarlos, no sobre usarlos. Adaptar un sistema de mesa existente para un juego de rol en línea no es trivial y probablemente sea una tarea abrumadora para una persona promedio que escribe su primer juego de rol en línea.
Si crea su propio sistema, aún debe inspirarse en alguna parte, por lo que le recomiendo que cree su propio sistema inspirado en FATE o GURPS. De esa manera, puede realizar fácilmente cambios que beneficien el juego y simplifiquen la implementación.