Algunos problemas en el área de la biología computacional parecen adecuados para aplicaciones prácticas que no son artificiales, o al menos no tan artificiales como los problemas mencionados por Jukka Suomela.
Por ejemplo, las personas a menudo mencionan el trabajo de F. Abu-Khzam, R. Collins, M. Fellows, M. Langston, W. Suters C. Symons, Algoritmos de kernelización para el problema de la cubierta de vértices: teoría y experimentos , procedimientos del sexto Taller sobre Algoritmo de Ingeniería y Experimentos (ALENEX), ACM / SIAM, Proc. Matemática Aplicada 115, 2004.
Como afirman los autores, "una de las aplicaciones a las que hemos aplicado nuestros métodos consiste en encontrar árboles filogenéticos basados en información de dominio de proteínas, ..." (sección 8 del documento anterior).
Un subconjunto de autores tiene documentos similares sobre este tema, ver, por ejemplo, Faisal N. Abu-Khzam, Michael A. Langston, Pushkar Shanbhag y Christopher T. Symons, Algoritmos paralelos escalables para problemas de FPT , Algorithmica, Volumen 45, Número 3 269-284.
No estoy seguro de si las instancias utilizadas en los experimentos fueron instancias del mundo real o artificiales, pero espero que las dos referencias le den un buen punto de partida.