Primero iba a responder la pregunta incorrecta: "qué ejemplo de problemas es mucho más difícil en las hipergrafías que en los gráficos". Me impresionó especialmente la diferencia en el tratamiento del problema de coincidencia máxima en gráficos, y lo mismo con las hipergrafías (un conjunto de bordes separados por pares), que pueden modelar muy fácilmente el color, el conjunto máximo independiente, la camarilla máxima ...
Entonces me di cuenta de que no era tu pregunta: "¿Cuáles son las principales dificultades entre los dos?".
Bueno, a eso respondería que hasta ahora no he visto muchos puntos comunes entre gráficos e hipergrafías. Excepto el nombre en sí. Y el hecho de que mucha gente está tratando de "extender" los resultados del primero al otro.
Tuve la oportunidad de pasar las páginas de "Hypergraphs" de Berge y "Set sets" de Bollobas: contienen muchos resultados sabrosos, y los que encontré más interesantes tenían poco que decir sobre los gráficos. Por ejemplo, el teorema de Baranyai (hay una buena prueba en el libro de Jukna).
No sé mucho de ellos, pero estoy pensando en un problema de hipergrafía en este momento y todo lo que puedo decir al respecto es que no siento ningún gráfico acechando en ningún lado. Quizás los consideremos "difíciles" porque solo estamos tratando de estudiarlos con las herramientas equivocadas. No espero que los problemas gráficos en los que estoy trabajando desaparezcan de inmediato mediante el uso de la teoría de números (aunque a veces sucede).
Ah, y algo mas. Quizás sean más difíciles de estudiar porque son combinatoriamente mucho ... ¿más?
"probarlos todos y ver cuándo funciona" a veces es una buena idea para los gráficos, pero con los hipergráficos uno se humilla rápidamente por los números. :-)