El programa nauty de Brendan McKay (No AUTomorphisms, Yes?) Resuelve el problema de etiquetado canónico de los gráficos (resolviendo simultáneamente los problemas de isomorfismo gráfico y automatismo gráfico) y tiene un rendimiento exponencial en el peor de los casos (Miyazaki, 1996). Sin embargo, funciona muy rápidamente para la mayoría de los gráficos, especialmente aquellos con algunos automorfismos.
Específicamente, el algoritmo comienza dividiendo los vértices por grado, luego por el grado entre cada parte. Cuando este proceso se estabiliza, se debe elegir distinguir un vértice en una parte no trivial, y esto conduce al comportamiento exponencial. En la mayoría de los gráficos, la profundidad de este procedimiento de ramificación es pequeña.