Cuando los tomates están cocidos (lo que supongo que planeas hacer para enlatar o después de congelar) las cáscaras se endurecen y generalmente se desprenden del tomate. Como generalmente no te importa esto, tampoco deberías preocuparte por los tomates enlatados, pero a muchas personas sí, incluso cuando se hace puré, la textura es diferente.
Cuando se congela, puede congelarse por completo y la piel debe desprenderse fácilmente cuando se descongela.
Una forma de evitar el problema de la textura sería hacer puré los tomates y luego forzarlos a pasar por un molino de alimentos, lo que ayudará a eliminar los trozos duros: haga esto antes de enlatarlos o después de congelarlos.