Básicamente, existen tres preocupaciones principales al cocinar su pavo: bacterias, esporas y toxinas.
Bacterias : Como usted señala, dado que su pavo finalmente alcanza al menos 165 grados, todas las bacterias vivas serán asesinadas.
Esporas : algunas de las esporas bacterianas no se matarán, lo que significa que a medida que la carne se enfríe, tendrán la oportunidad de volver a crecer. (Algunas esporas bacterianas sobreviven a 212 grados o más). Mientras más tiempo esté su carne cocinando en la zona de peligro, se producirán más esporas y más rápido se volverán inseguras sus sobras. Esto significa que refrigerar o congelar las sobras rápidamente, y comer las sobras refrigeradas pronto, es especialmente importante para los alimentos cocinados a fuego lento. (Aunque, dicho esto, el humo actuará como un conservante, lo que puede contrarrestar este efecto. Los efectos del humo pueden ser principalmente superficiales, pero como explico en breve, ¡también lo son las bacterias!)
Toxinas : Finalmente, está la preocupación que mencionó: las toxinas tolerantes al calor producidas por ciertas bacterias mientras se cocinan los alimentos. Incluso en condiciones ideales, la mayoría de las bacterias producen toxinas muy lentamente, generalmente en el transcurso de los días. La mayoría de las veces que los alimentos se cocinan, aunque técnicamente en la "zona de peligro", no son condiciones ideales para la producción de toxinas. He visto recetas sous vide que involucran cocinar costillas durante 72 horas, y permanecen en la "zona de peligro" durante una fracción significativa de ese tiempo; todavía se consideran seguras para comer cuando terminan.
Quizás lo más importante es que las bacterias provienen del entorno en el que se encuentra la comida. Esto significa que en un pavo entero, generalmente estarán en la superficie, lo que se calienta más rápidamente y también se seca primero, lo que ralentiza el crecimiento bacteriano. Además, la superficie está expuesta al aire, y la mayoría de las bacterias productoras de toxinas solo prosperan sin oxígeno. Esta es la razón por la cual las enfermedades basadas en toxinas como el botulismo son más probables en los alimentos preparados, donde las bacterias de la superficie se "mezclan" en ambientes libres de aire (y, por lo tanto, libres de oxígeno), y generalmente se comen varios días (o, en el caso de las conservas comida, meses) más tarde.
En resumen, debería ser increíblemente improbable, y tal vez completamente imposible, que se acumulen niveles peligrosos de toxinas en las 12-18 horas que su ave se está cocinando.