Sí, hace la diferencia. En un horno convencional (incluso uno con un ventilador de convección), cualquier cosa colocada en la rejilla inferior absorberá menos calor de radiación del elemento del horno. Eso significa tiempos de cocción más largos y posiblemente la necesidad de un ajuste de temperatura más alto.
Si está siguiendo una receta, entonces es mejor usar la rejilla que indique la receta. Si la receta no especifica, generalmente está diseñada para el estante central.
Ahora, usar una rejilla diferente es completamente diferente de hornear realmente una cosa encima de otra, en una rejilla más alta. Eso tendrá un efecto significativo en lo que sea que esté debajo, y si es particularmente sensible al tiempo y a la temperatura (muchos productos horneados lo son), entonces es muy probable que falle por completo. Una vez intenté hornear dos capas de hojaldres de crema y las que estaban en la parte inferior todavía estaban prácticamente crudas para cuando terminó la parte superior. Dudo que encuentres mucho mejor éxito con los pasteles.
Un ventilador de convección puede ayudar en este caso, pero todavía no creo que sea suficiente para compensar el gradiente de temperatura que crearía al "eclipsar" un plato debajo de otro en el mismo horno. Literalmente estás bloqueando el calor para que no llegue al plato de fondo.