Independientemente del tipo, todo el chocolate debe almacenarse en un lugar fresco y de baja humedad (seco), alejado de la luz solar directa. Sería mejor sellarlo en un recipiente hermético porque, como dijo ElendiTheTall, la manteca de cacao que contiene absorberá los sabores.
El chocolate negro durará años. La leche y el chocolate blanco durarán mucho menos tiempo (unos pocos meses), debido a su contenido de leche.
El chocolate almacenado de manera inadecuada desarrollará floración, que se muestra como una franja o mancha blanca o gris en la superficie. Las manchas o rayas son la separación de la grasa de la manteca de cacao y es una señal de que el temperamento del chocolate se ha perdido. Este tipo de chocolate todavía es adecuado para cualquier aplicación en la que el chocolate se derrita por completo (la mayoría de los horneados). Incluso se puede usar como chocolate base (sin semillas) para templar con el método de siembra, pero no se debe usar para hacer otros dulces.