El tamaño de la tabla no es realmente el problema, podrían ser las consultas que está ejecutando en esa tabla.
Por ejemplo, si selecciona usuarios en función de los datos almacenados en la tabla meta-usuario, entonces esa consulta no será optimizada, porque meta_value no es un campo indexado. En ese caso, es posible que deba agregar índices adicionales o considerar almacenar esos datos en particular de una manera diferente, como con una taxonomía personalizada.
En términos generales, las cosas que almacena como meta nunca deberían ser algo en lo que buscará exclusivamente. Esto se aplica a todas las meta tablas en WordPress. Meta está diseñado principalmente para ser extraído por meta_key, no por meta_value. Las taxonomías limitan los valores posibles a un conjunto y organizan la información de manera diferente, por lo que funcionan mejor cuando el "valor" cuenta como lo que está seleccionando.
Tenga en cuenta que la selección por meta_key y meta_value generalmente está bien, porque mySQL optimizará la consulta para que se base en meta_key primero, reduciendo la cantidad de datos a buscar a un límite manejable (con suerte). Si incluso esto se convierte en un problema, puede "solucionarlo" agregando un nuevo índice a la tabla meta con meta_key y meta_value en el índice, sin embargo, debido a que meta_value es LONGTEXT, debe limitar la longitud de ese índice a algo razonable, como 20-30 o algo, dependiendo de sus datos. Tenga en cuenta que este índice puede ser mucho más grande que sus datos reales y aumentará drásticamente el espacio de almacenamiento necesario. Sin embargo, será mucho más rápido en ese tipo de consultas. Consulte a un DBA calificado si esto se convierte en un problema real.
Como referencia, en WordPress.org tenemos aproximadamente 11 millones de usuarios registrados. La cantidad de meta varía según el usuario, con probablemente un mínimo de 8 filas por, y tal vez un máximo de alrededor de 250 ish. La tabla de usuarios es de aproximadamente 2.5 GB, la tabla de usuarios de meta es de aproximadamente 4 GB. Parece funcionar bien, en su mayor parte, pero de vez en cuando encontramos alguna consulta extraña que tenemos que optimizar.