Múltiples bucles WP_Query con paginación

Hay algunas otras preguntas sobre esto (y la paginación WP_Query parece ser una gran pregunta para muchas personas), así que estoy tratando de reducir exactamente cómo hacerlo funcionar.

Puedo crear un solo bucle personalizado con paginación de este código:

// http://weblogtoolscollection.com/archives/2008/04/19/paging-and-custom-wordpress-loops/
$temp = $wp_query;
$wp_query= null;
$wp_query = new WP_Query();
$args = array(
    'showposts' => 2,
    'paged' => $paged
);
$wp_query->query($args);
while ($wp_query->have_posts()) : $wp_query->the_post();

// The Post
the_title();
echo '<br>';
the_category(' ');
the_excerpt();
echo '<hr>';

endwhile;
// http://codex.wordpress.org/Function_Reference/paginate_links#Examples
$big = 999999999;
$pag_args = array(
    'base' => str_replace( $big, '%#%', get_pagenum_link( $big ) ),
    'format' => '?paged=%#%',
    'current' => max( 1, get_query_var('paged') ),
    'total' => $wp_query->max_num_pages
);
echo paginate_links($pag_args);
$wp_query = null;
$wp_query = $temp;

... pero, naturalmente, si copio / pego este bucle, funciona como un clon exacto, es decir, cuando hace clic en "Página 2", lo lleva a la Página 2 para AMBOS bucles.

¿Hay alguna manera de separarlos unos de otros para que cada página se separe?

Aquí está el código completo completo con un bucle duplicado si alguien está interesado en configurar su propia versión local y jugar con ella: http://paste.pocoo.org/show/573108/

Sí, se puede hacer. La clave es hacer que el formatparámetro sea diferente para las dos consultas:

    <!-- Cats -->
    <div class="animals">
        <?
            $paged1 = isset( $_GET['paged1'] ) ? (int) $_GET['paged1'] : 1;
            $paged2 = isset( $_GET['paged2'] ) ? (int) $_GET['paged2'] : 1;

            // Custom Loop with Pagination 1
            // http://codex.wordpress.org/Class_Reference/WP_Query#Usage
            $args1 = array(
                'paged'          => $paged1,
                'posts_per_page' => 2,
            );
            $query1 = new WP_Query( $args1 );

            while ( $query1->have_posts() ) : $query1->the_post();
                the_title();
                echo '<br>';
                the_category(' ');
                the_excerpt();
                echo '<hr>';
            endwhile;

            // http://codex.wordpress.org/Class_Reference/WP_Query#Pagination_Parameters
            $pag_args1 = array(
                'format'  => '?paged1=%#%',
                'current' => $paged1,
                'total'   => $query1->max_num_pages,
                'add_args' => array( 'paged2' => $paged2 )
            );
            echo paginate_links( $pag_args1 );
        ?>
    </div>

    <!-- Dogs -->
    <div class="animals">
        <?
            // Custom Loop with Pagination 2
            $args2 = array(
                'paged'          => $paged2,
                'posts_per_page' => 2,
            );
            $query2 = new WP_Query( $args2 );

            while ( $query2->have_posts() ) : $query2->the_post();
                the_title();
                echo '<br>';
                the_category(' ');
                the_excerpt();
                echo '<hr>';
            endwhile;

            $pag_args2 = array(
                'format'  => '?paged2=%#%',
                'current' => $paged2,
                'total'   => $query2->max_num_pages,
                'add_args' => array( 'paged1' => $paged1 )
            );
            echo paginate_links( $pag_args2 );
        ?>
    </div>