En este momento la respuesta es "sí". El problema puede comenzar cuando la diferencia entre maria y mysql estará en el nivel de sintaxis sql de una manera que evite tener compatibilidad entre ellos.
Como ambos productos no viven solos en el mundo y tienen que depender de un desarrollador externo (como los desarrolladores del módulo php mysql), creo que no hay posibilidad de que haya una diferencia importante entre los dos en el nivel "API" suceder en el corto a mediano plazo. Lo más probable es que las diferencias entre los dos continúen siendo en el rendimiento y el lado administrativo.